حضرت سکینه روز پنجم ربیع الاول سال 117 هجری قمری در سن بین 67 تا 70 سالگی در مدینه وفات نمود. حاکم معاصر حضرت سکینه (س) پس از وفات ایشان اجازه برگزاری مراسم تشییع پیکر مبارک ایشان را ندادند. بر اساس روایات مختلف پیکر مبارک حضرت سکینه(س) در مدینه به خام سپرده شده است. بعضی بر این باورند که حرم حضرت سکینه (س) در شهر شام(دمشق) و سوریه است.