محراب کلیسا به صورت نیم دایره است و مطابق با سنت کلیساهای ارمنیان در سمت شرقی بنا قرار دارد. کف آن نیز بالاتر از کف صحن کلیسا و دارای سه نورگیر است. در دو طرف محراب، امانت خانه‌ها قرار دارند که هر یک دارای نورگیری کوچک هستند و به غیر از ورودی به داخل صحن کلیسا ورودی مجزایی نیز به محوطه خارج از بنا دارند.