ارمنیان پس از استقرار در جلفای اصفهان، درصدد ایجاد تأسیسات اجتماعی و بناهای مذهبی خود برآمدند و با سرمایه‌های نقدی و خودیاری مردم نخست به ساختن کلیسای وانک، نظیر همان کلیسایی که در جوغا داشتند و با همان نام همت گماشتند. هم‌زمان با ساختن وانک، کلیسای کوچکی نیز در بخش جنوب غربی آن ساختند. این کلیسا مدت پنجاه سال مورد استفاده روحانیون قرار گرفت. در سال ۱۶۵۵ میلادی در محل کلیسای مزبور شروع به ساختن کلیسای فعلی کردند و در سال ۱۶۶۴ میلادی آن را به پایان رساندند.