دربارهٔ تاریخ بنای کلیسا، اظهارات گوناگونی ابراز شده‌است. عده‌ای آن را از بناهای اوائل مسیحیت، می‌دانند برخی چون تاورنیه بنای آن را به دوره صفویه نسبت می‌دهند. در حالی که شیوه معماری بنا، مصالح ساختمانی و تزئینات مفصل و زیبای آن مؤید این مطلب است که کلیسا همانند و هم‌زمان با کلیساهایی چون قره کلیسا در بین قرن چهارم تا ششم هجری (دهم تا دوازدهم میلادی) ساخته شده‌است