در طول سالیان دراز این کلیسا بارها از سوی صاحبان قدرت غارت شده و نیز به سبب بلایای طبیعی چون زلزله، آسیب فراوانی دیده‌است. کلیسای تادئوس از دو بخش قدیمی سیاه رنگ و بخش جدید سفیدرنگ تشکیل شده‌است که هر یک تاریخچه‌ای دارند. نخستین بار هنگام حمله چنگیزخان مغول بخش وسیعی از قره کلیسا تخریب شده اما در زمان حکومت هولاکوخان این کلیسا به همت خواجه نصیرالدین طوسی مرمت گردید.