بر مبنای کتیبه‌ای که در کنار محراب بخش قدیمی کلیسا موجود است، در سده ۱۴ میلادی (سال ۱۳۹۱ میلادی) زلزله مهیبی بنای این کلیسا را تخریب می‌کند و بنای موجود توسط «اسقف زاکاریا» دو تن از برادران او به نام‌های پطروس و «سرکیس» در دوره زمانی ۱۰ ساله تعمیر و بازسازی شده و در سال ۱۴۰۱ میلادی بار دیگر درهای کلیسا به روی زائرین گشوده می‌شود.