معمار این مسجد استاد محمدرضا اصفهانی، پسر استاد حسین بنا اصفهانی بوده‌است. این مسجد بر خرابه‌های مسجدی که قبلاً در آن محل بوده ساخته شد. مسجد شیخ لطف‌الله به نام یکی از علمای بزرگ عصر صفوی به نام شیخ لطف‌الله جبل‌عاملی، نامیده شده است. شیخ لطف‌الله یکی از علمای بزرگ دوره صفوی بود.