قاپو یا قاپی در زبان ترکی به معنی در، درگاه و ورودی است و عالی به معنی باشکوه، بزرگ و با ارزش می‌باشد. گفته می‌شود که در اصلی بنا را شاه عباس از نجف و مقبره علی بن ابی طالب به این مکان انتقال داده‌است. کتیبه بالای سردر ورودی با عنوان انا مدینه العلم و علی بابها و استقرار ۱۱۰ توپ جنگی در مقابل کاخ به حساب ابجد نام علی را عنوان می‌نماید (ع=۸۰، ل=۲۰، ی=۱۰).