بنای اصلی مسجد کبود بنایی آجری می‌باشد. این بنا دارای گنبد اصلی و گنبد جنوبی می‌باشد که بر روی صحن بزرگ و صحن جنوبی کوچک‌تر واقع شده‌اند. بنا دارای هفت گنبد کوچکتر می‌باشد که سقف شبستان‌های شرقی و غربی و ورودی مسجد را پوشانده‌اند.