مدرسه ضیائیه یزد از شیوه آذری است. این مدرسه در چهار مرحله ساخته شده‌است. نخست گنبد خانهٔ کهن آن هم‌زمان با حمله مغولان، برای آرامگاه ساخته شده و مدرسه هم نبوده‌است و دویست سال پس از آن در اوایل سده دهم، نوهٔ سازندهٔ نخست گنبد، در کنار آن، این مدرسه را می‌سازد و آن را مدرس این مدرسه می‌کند و درگاه آن را هم به مدرسه باز می‌کند.