در فروردین ۱۳۶۵ قلب امام برای لحظاتی ایستاد، تلاش پزشکان ممکن بود که به نتیجه نرسد اما ناگهان قلب در آخرین شوک بازگشت اما متاسفانه در ۲۸ اردیبهشت ۱۳۶۸ پزشکان وجود سرطان معده را تایید کردند و در دوم خردادماه امام تحت عمل جراحّی قرار گرفتند. و نهایتا پس از حدود ۱۰ سال رهبری انقلاب اسلامی، شبانگاه سیزدهم خرداد روح امام برای همیشه آرام گرفت.