سیر بیماری امام خمینی از روز اول خرداد ماه سال 1368 ه. ش. به طور جدی آغاز شد و تیم پزشکان تصمیم به جراحی دستگاه گوارش ایشان گرفتند. پس از عمل جراحی بیماری درمان نشد و سرانجام امام خمینی در ساعت 20/22 روز شنبه سیزدهم خرداد ماه سال 1368 به ملکوت اعلا پیوست.