نقل است امام خمینی(ره) پس از بازگشت از پاریس به قم آمد و به زیارت اهل قبور در قبرستان شیخان رفت. ایشان قسمتی از عمامه‌اش را باز کرد و با آن غبار قبر استادش، «حاج میرزا آقای ملکی تبریزی» را پاک کرد، سپس برای ایشان قرآن و فاتحه خواند. این نشانه احترام امام به استاد بزرگوارش است.