با دقت در اظهارات آقای بازرگان و تامل در فضای سیاسی آن روز ایران بیش از پیش به حساسیت موضوع می توان پی برد و اگر فرصت به دست آمده پس از شهادت حاج آقا مصطفی نبود چه بسا چنین اتحاد و اتفاقی نیز در آن مقطع زمانی به راحتی حاصل نمی شد. به ویژه آنکه طبق اظهارات مهندس بازرگان، مجلس یادبود اعلام تبعیت و پذیرش رهبری نهضت نیز به شمار می آمد.
داریوش همایون وزیر اطلاعات کابینه جمشید آموزگار هم در این باره می گوید: «پس از مرگ پسر [آیت الله خمینی آن مجلس یادبودی که برایش در مسجد ارک برگزار کردند، نقطه تجمعی شد برای همه قشرهای پیشرو و لیبرال و آزادیخواه و جبهه ملی و چپ، هرچه که بود، غیر از نظام حکومتی، چهرههای برجسته اش آنجا ظاهر شدند، پیدا بود که رهبری مذهبی توانسته است که همه اینها را جمع کند و بسیج بکند
مفسر رادیو BBC نیز با اشاره به آگهی تسلیت این مراسم می گوید: «آگهی تسلیتی که به این مناسبت در مطبوعات تهران چاپ شد به امضای بسیاری از روشنفکران، روحانیان، بازاریان و دانشگاهیان رسیده بود.» تأکید گوینده بر امضاهای موجود در آگهی تسلیت از یکسو اذعان به اتحاد و وفاق نیروهای سیاسی و اجتماعی پس از شهادت سید مصطفی خمینی است و از سوی دیگر بیانگر مشروعیت و محبوبیت بالای امام در لایحه های مختلف اجتماعی است.
پس از تبعید امام در سال 1343 تا سالهای آخر عمر حکومت پهلوی، مردم که تعهد و مظلومیت رهبری نهضت را دیده بودند، اندوه دوری او را با صبر و امید تحمل کردند، در چنین شرایطی وقتی خبر شهادت فرزند امام را شنیدند بیش از پیش به صداقت، تعهد، اخلاص، مظلومیت و نقش محوری او پی بردند و در تجلیل نسبت به او لحظه ای رویگردان نشدند. رادیو BBC در این زمینه می گوید: «مجالس ترحیم برای سید مصطفی خمینی تبدیل به مجالس تجلیل از آیت الله خمینی شد.»
تعطیلی حوزه‌های علمیه نجف، قم و بازار قم در کنار مجالس بزرگداشت در شهرهای مختلف که همگی با حضور مراجع و علمای سرشناس بلاد تشکیل می شد، همگی با هدف تجلیل از امام صورت می گرفت. سوگواری های پی در پی و بزرگداشت ها از یکسو بیانگر مشروعیت بالای امام و از سوی دیگر معیاری برای عدم مشروعیت شاه و سلطنت او بود. تجلیل از امام در حقیقت تجلیل از مجاهدت، صداقت، تعهد و مظلومیت او و نهایتا اذعان به مشروعیت و مقبولیت بالای ایشان بود که به شایسته ترین شیوه یعنی حضور در مراسم بزرگداشت فرزندش ظهور و بروز یافت. تا آن زمان به واسطه فشار رژیم امکان حضور مردم در مجامع عمومی نبود و شاید این مراسم خود بهانه ای برای حضور متشکل مردم در صحنه بود. به واقع شرکت در مراسم ختم سیدمصطفی خمینی یک رفتار سیاسی مهم علیه رژیم شاه بود.
یکی دیگر از مهم ترین آثار شهادت حاج آقا مصطفی ایجاد تحرک و شور انقلابی روزافزون در میان مردم بود. براساس برخی شواهد حداقل در شهرهای قم، تهران، مشهد، اصفهان، شیراز، یزد، همدان، خرم آباد، تبریز، مراغه، ارومیه، اراک، کاشان، سمنان، گرمسار، قزوین، اهواز، آبادان و خرمشهر مجالس سوگواری با همان ویژگی های انقلابی برگزار شد. حتی بر اساس برخی اسناد ساواک در پایان بیشتر مجالس ختم جمعیت شرکت کننده در مراسم به راهپیمایی های پرشور در حمایت از حضرت امام و محکومیت جنایت رخ داده می پرداختند. در حقیقت می توان این واقعه را مستمسکی جدید برای خشم انقلابی مردم علیه رژیم دانست.
محمد شانه چی از عناصر مرکزی جبهه ملی طی تحلیلی از شهادت حاج آقا مصطفی و نتایج آن می گوید: «یک جریان سیاسی بود، نه اینکه درگذشت پسر آقای خمینی اینقدر جنجال به ظاهر به پا کند؛ چون مردم به دنبال یک مستمسکی، یک علتی می گشتند تا یک تظاهراتی کنند، یک جریانی راه بیندازند فوت پسر آقای خمینی یک موضوعی بود که بسیار عالی بود برای جنجال به پا کردن و کار راه انداختن، حرکت ایجاد کردن.» وی با اشاره به چگونگی برپایی جلسات بزرگداشت می افزاید: «ذات فوت پسر آقای خمینی، این محرک نبود. خود مردم دنبال یک دلیل و مستمسکی می گشتند یک کاری بکنند، این فوت پسر آقای خمینی از همه بهتر بود، خیلی خوب بود، خوب اینها ازش استفاده کردند و بهره برداری کردند.»
در همین زمینه دو سند ساواک جلب نظر می کند. در یکی از این اسناد آمده است: «در فاصله برگزاری مجالس مذکور مجالس ختم حاج آقا مصطفی) و مجالسی که به مناسبت چهلمین روز درگذشت مصطفی خمینی برگزار گردید، فعالیتهای وسیع تری نیز از طرف عناصر متعصب مذهبی طرفدار روحانیون افراطی و وابسته به گروه های برانداز انجام گرفت و عده ای در شهرهای تهران، شیراز و مشهد در دستجات ۳۰ تا ۵۰ نفری به تظاهرات خیابانی، حمل شعارهای پارچه ای مضره و شکستن شیشه های چند شعبه بانک، سینما، مشروب فروشی و همچنین شرکت هواپیمایی ملی ایران در شهر شیراز مبادرت نمودند.»
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390
