حضرت، معصومه (س) دختر گرامی امام هفتم شیعیان حضرت موسى بن جعفر (ع) است. مادر مکرمه ایشان حضرت نجمه خاتون (س) است. ولادت آن حضرت در روز اول ذیقعده سال ١٧٣ هجرى قمرى در مدینه منوره واقع شده است.
در سال ٢٠٠ هجرى قمرى در پى اصرار و تهدید مأمون عباسى سفر تبعید گونه حضرت رضا (ع) به مرو انجام شد و آن حضرت بدون این که کسى از بستگان و اهل بیت خود را همراه خود بیاورند راهى خراسان شدند.
یک سال بعد از هجرت تبعید گونه حضرت رضا (ع) به مرو، در سال 201 هجری قمری، به شوق دیدار برادر و ادای رسالت زینبی و پیام ولایت، به همراه عده اى از برادران و برادرزادگان به طرف خراسان حرکت کرد و در هر شهر و محلى مورد استقبال مردم واقع مى شد. درشهر ساوه عده اى از مخالفان اهلبیت که از پشتیبانى مأموران حکومت برخوردار بودند، سر راه کاروان آنان را گرفته و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند، در نتیجه تقریباً همه مردان کاروان به شهادت رسیدند، حتى بنابر نقلى حضرت (س) معصومه را نیز مسموم کردند.
به هر حال، یا بر اثر اندوه و غم زیاد از این ماتم و یا بر اثر مسمومیت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه (س)بیمار شدند و چون دیگر امکان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. حدوداً در روز ٢٣ ربیع الاول سال ٢٠١ هجرى قمرى حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. و در محلى که امروز «میدان میر» نامیده مى شود در منزل «موسى بن خزرج» فرود آمدند و افتخار میزبانى حضرت نصیب او شد.
آن بزرگوار به مدت ١٧ روز در این شهر زندگى کرد محل زندگی و عبادت آن حضرت در مدرسه ستیه به نام «بیت النور» هم اکنون محل زیارت ارادت مندان آن حضرت است.
سرانجام در روز دهم ربیع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربع الثانى» سال ٢٠١ هجرى پیش از آن که دیدگان مبارکش به دیدار برادر روشن شود، در دیار غربت و با اندوه فراوان دیده از جهان فروبست. مردم قم با تجلیل فراوان پیکر پاکش را به سوى محل فعلى که در آن روز بیرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشییع نمودند.
پس از دفن حضرت معصومه (س) موسى بن خزرج سایبانى از بوریا بر فراز قبر شریفش قرار داد تا این که حضرت زینب فرزند امام جواد (ع) به سال ٢٥٦ هجرى قمرى اولین گنبد را بر فراز قبر شریف عمه بزرگوارش بنا کرد. پس از آن در طول سالیان دراز تا امروز مرقد مطهر ایشان همواره مورد توجه و احترام شیعیان و ارادتمندان بوده و بارها تجدید بنا شده و توسعه و تکمیل یافته است. امروزه حرم مطهر دارای ضریح، گنبد، رواق ها، ایوان ها ،صحن ها، گلدسته هاو....بسیار زیبایی است.
سیر تاریخی هریک ازبناهای حرم به شرح زیر است:
مرقد مطهر
در سال 605 هجرى به دستور «امیر مظفر احمد بن اسماعیل» بزرگ خاندان آل مظفر، بزرگ ترین استاد کاشى ساز آن زمان «محمد بن ابى طاهر کاشى قمى» کار ساخت و پرداخت کاشى هاى متنوع مرقد را شروع کرد و بعد از هشت سال، در سال 613 کاشى هاى آن آماده گردید و کار گذاشته شد. اخیراً در سال 1377 شمسى مرقد مطهر به شکل جدید که آمیخته اى از کاشى و سنگ است تجدید بنا شد و همچنین دیواره هاى داخلى با سنگ مرمر سبز آراسته گردید.
ضریح:
در سال 965 هجرى شاه طهماسب صفوى، در چهار طرف مرقد ضریحى آجرى آراسته به کاشی هاى هفت رنگ و کتیبه هاى معرق بنا نمود و در اطراف آن منافذى باز بود تا هم مرقد دیده شود و هم زائران نذورات خود را داخل ضریح بریزند.
در سال 1230 هجرى قمرى فتحعلى شاه همان ضریح را نقره پوش کرد که این ضریح به مرور زمان فرسوده شد و در سال 1280 ضریحى که از نقره ضریح سابق و نقره هاى موجود در خزانه ساخته شده بود به جاى آن نصب گردید.
این ضریح چندین مرتبه تجدید بنا و اصلاح شد و سال هاى متمادى روى مرقد حضرت باقى بود تا این که در سال 1368 هجرى شمسى به دستور تولیت آن زمان شکل ضریح را تغییر دادند و ضریحى را با ظرایف و شاهکارهاى هنرى ویژه اى به جاى آن نصب نمودند که آن ضریح همچنان برفراز تربت نورانى حضرت برقرار است و در اسفند ماه 1380 شمسى اصلاحات و تعمیرات جدید صورت گرفت.
رواق ها:
محدوده هاى نزدیک تر به ضریح مطهر را رواق می گویند. حرم مطهر دارای چهار رواق است:
1- رواق بالاسر که محوطه بین مسجد بالاسر تا ضریح مطهر است و با آیینه کارى و گچکارى هاى بسیار زیبا آراسته شده است.
2- رواق دارالحفاظ که محوطه بین ایوان طلا و ضریح مطهر است.
3- رواق آینه (شهید بهشتى) که در بخش زنانه و پایین پاى حضرت (س) واقع است.
4- رواق پیشرو که محوطه بین مسجد طباطبایى تا ضریح مطهر است.
صحن ها:
حرم مطهر دارای سه صحن است:
1- صحن نو (اتابکى):
این صحن زیبا داراى چهار ایوان شمالى، جنوبى و شرقى و غربى است: ایوان شمالى آن ورودى از میدان آستانه و ایوان جنوبى ورودى از طرف قبله و ایوان شرقى ورودى از خیابان ارم و ایوان غربى همان ایوان آینه است در هر کدام از این ایوان هاى یاد شده ظرایف و آثار هنرى، معمارى خاصى به کار رفته است. این صحن آز آثار (میزرا على اصغر خان صدر اعظم) است که از سال 1295 هجرى قمرى تا سال 1303 بناى آن طول کشیده است.