متن نامه تقاضای استعفای آقای بطحائی که دوازدهم خردادماه ۹۸ تقدیم رئیس جمهوری شده، به این شرح است:
حضرت حجت الاسلام و المسلمین جناب آقای دکتر روحانی
ریاست محترم جمهوری اسلامی ایران
با سلام و آرزوی قبولی طاعات و عبادات،
از آنجایی که اینجانب قصد کاندیدائی برای نمایندگی مجلس شورای اسلامی را دارم و با توجه به مهلت قانونی مقرر (۹۸/۳/۱۶) بدین وسیله استدعا دارم با درخواست استعفای اینجانب موافقت فرمائید.
از اینکه با اعتماد به اینجانب، فرصت همراهی با دولت دوازدهم و خدمت را برایم فراهم آوردید، بسیار سپاسگزارم.
ارادتمند - سیدمحمد بطحائی – ۱۳۹۸/۳/۱۲
پس از پیگیری و اصرار بطحائی بر پذیرش استعفا، رئیس جمهوری روز سه‌شنبه مورخه چهاردهم خردادماه ۹۸، با درخواست وی موافقت و در هامش نامه استعفای آقای بطحائی نوشت:
بسمه تعالی
جناب آقای سیدمحمد بطحائی دام عزه
با تشکر از زحمات جنابعالی در دوران مسئولیت وزارت آموزش و پرورش و با توجه به تصمیم جنابعالی برای شرکت در انتخابات مجلس شورای اسلامی به‌عنوان کاندیدای نمایندگی، با استعفای جنابعالی موافقت می‌کنم. توفیق روزافزون جنابعالی را از خداوند بزرگ، مسألت می‌نمایم.
حسن روحانی
۹۸/۳/۱۴
