صیاد شیرازی در بامداد ۲۱ فروردین ۱۳۷۸ به وسیله عوامل مسلح سازمان مجاهدین خلق ایران در پوشش رفتگر، مقابل درب منزل مسکونی‌اش واقع در تهران و در برابر دیدگان فرزندش ترور شد. در تشييع پيكر صياد كه حضرت آيت الله خامنه‌ای بر آن بوسه زد. شهيد صياد در مراسمی با حضور آیت الله خامنه‌ای و مقامات لشکری و کشوری وقت و جمع کثیری از مردم در بهشت زهرا دفن شد.