کریم باقری در ۱۶ خرداد سال ۱۳۷۲ برابر تیم ملی پاکستان در جام اکو، اولین بازی ملی خود را انجام داد و ۸۴ بازی ملی و ۵۰ گل در کارنامه ملی خود دارد.