فعالیت سیاسی حاج آقا مصطفی خمینی (رضی الله عنه) از آن جهت اهمیت بررسی دارد که ایشان بهتر از هر کس دیگر روح نهضت امام خمینی (رضی الله عنه) یعنی براندازی رژیم سلطنتی ایران و استقرار حکومت اسلامی را دریافته بود، بهتر از هر کسی دیگر موضعگیری مناسب در مقابل حکام رژیم های پهلوی و بعث عراق می کرد، بهتر از هر کس دیگر مبارزان انقلابی را در حضور و غیاب امام راهنما و هدایتگر بود، بهتر از هر کس دیگری با طرد عناصر غیر صالح و مظنون، نهضت اسلامی را از خطر آسیب نفوذی ها مصون نگه می داشت و بهتر از هر کس دیگر تا پای جان در نهضتی که پدر بزرگوارش بنیان نهاده بود ایستاد و سرانجام نیز بهتر از هرکس دیگر جان خویش را نثار احیای انقلاب گرد و خاموشی چراغ عمرش، به سرعت روشنایی شعله های برافروخته انقلاب اسلامی ایران را به همراه آورد.
گرچه آقا مصطفی (رضی الله عنه) در طول دوران مبارزاتی خود بخش عمده ای از عمر پربرکتش را در زندان، تبعید، مسافرت، برگزاری جلسات، انجام مکاتبات، رایزنی های گوناگون و ملاقاتهای وقت و بی وقت گذراند، لیکن هیچگاه از مسیر علم و تقوا فاصله نگرفت. ایشان در عین حالی که مبارزی خستگی ناپذیر قلمداد می شد، عالم و مجتهد بود؛ مفسر قرآن و اسلام شناس بود؛ اسوه زهد و معلم اخلاق بود و از مدرسین والا مرتبه حوزه علمیه نجف اشرف محسوب می شد.
آنچه را که می توان به عنوان برجسته ترین نقطه زندگانی این عالم شهید برشمرد، پیروی بی چون و چرای ایشان از رهبری انقلاب بود. مرحوم حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) همانگونه که خود اظهار داشته بود، چند صباحی بیشتر در اوان جوانی تقلید نکرد و پس از آن به مرتبه والای اجتهاد نائل آمد، با این حال تبعیت از امام خمینی(رضی الله عنه) را حتى آنجا که مخالف رأى و نظر خود می یافت، واجب می شمرد و بدان ملتزم بود.
از برخی یاران امام نقل شده است که حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) در پاره ای از مسائل سیاسی - اجتماعی نظری بر خلاف نظر امام داشت و بخصوص در چگونگی اداره بیت حضرت امام در نجف اشرف خرده گیری های به وضع موجود آن زمان می گرفت، ولی هیچگاه دیده نشد که بر خلاف نظر امام اقدامی انجام دهد، سخنی بر زبان بیاورد و یا اعمال سلیقه ای بکند.امید است توانسته باشم با مروری بر زندگانی سراسر افتخار آنکه شهادتش از الطاف خفیه الهی بود و آنچه اکنون در انقلاب اسلامی خود داریم، از برکت خون اوست، مشتاقانش را به مسیری که او می پیمود رهنمون بوده باشیم.
چهره مبارز و خروشان آیت الله شهید حاج سید مصطفی خمینی (رضی الله عنه) از اوایل نهضت مقدس و بنیان برانداز حضرت امام خمینی (رضی الله عنه) علیه رژیم پهلوی نمایان شد. گرچه وی پیش از نهضت امام خمینی(رضی الله عنه) نیز تا پایه ای در جریانهای سیاسی و مبارزاتی وارد بود و با برخی رهبران فدائیان اسلام دوستی و همفکری داشت. آن زمان که لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی تصویب شد (۱۹ مهرماه ۱۳۶۱ ش) و بر اساس آن محمدرضا پهلوی رسما توطئه اسلام زدائی خود را آغاز کرد، مبارزات بی امان امام خمینی (رضی الله عنه) نیز علیه ظلم و فساد سلطنت پهلوی به طور رسمی شکل گرفت. گرچه در این برهه از زمان حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) به همراه والده مکرمه خویش در عتبات عالیات به سر می برد، لیکن از ابتدای سال ۱۳۶۲ و حمله ددمنشانه رژیم ستمشاهی پهلوی به مدرسه مبارکه فیضیه (دوم فروردین ۱۳۹۲)، ایشان همانند یک سرباز مطیع و فداکار در خدمت به نهضت اسلامی و رهبر آن کمر همت بست و از آن پس مردم را به مبارزه علیه شاه فراخواند.
مبارزه ای که امام خمینی (رضی الله عنه) آغاز کرده بود بر سازمان و تشکیلات خاصی تکیه نداشت، بلکه ایشان حقایق را آنگونه که می بود برای مردم بازگو می گفت و به عنوان یک مرجع تقلید وظایف مسلمین را بر ایشان برمی شمرد و آنان را علیه رژیم بسیج می کرد.طبیعی است این روش مبارزه مشکل ترین روش مبارزاتی است، زیرا امام همزمان با درگیری رودررو با دشمن، وظیفه آگاه کردن مردم و انسجام حرکت انقلابی آنان در حین مبارزه را نیز به عهده داشت.
حضور مداوم و فعال حاج سید مصطفی خمینی (رضی الله عنه) در کنار پدر بزرگوارش، باعث شده بود تا فولاد وجودش آبدیده شود و از اوایل مبارزات عمومی و علنی علیه رژیم پهلوی، معنای عمیق این مبارزه را درک کند و تا آنجا پیش رود که خود یکی از رهبران این حماسه آفرینی‌ها شود.
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390
