روش تفسیری حاج آقا مصطفی مبتنی بر تفصیل و توضیح کامل است. ایشان، اول آیات مورد نظر را درج می کند و سپس تحت عنوان «المسایل اللغویه و الصرفیه» به واژه شناسی و اشتقاق صرفی کلمات می پردازد، سپس اگر بحثی راجع به نحوه نگارش و «رسم الخط» واژه های آن باشد. راجع به آن سخن می گوید، آنگاه بحثی درباره «اختلاف قرائت ها» می گشاید؛ سپس بحثی درباره چگونگی اعراب و علم نحوه انجام می دهد؛ بعد از آن، آیات مورد نظر را از نگاه «علم معانی و بیان و فن بلاغت» مورد کاوش قرار میدهد و بعد به استخراج و دسته بندی نکته هایی می پردازد که امکان برداشت آنها از آن آیات، راجع به علم «اصول فقه» وجود دارد. آنگاه تحت عنوان «الحکمه و الفلسفه» نکته های فلسفی آیه را مورد دقت و گفت وگو قرار می دهد. بعد از آن به «نکته های اخلاقی و پند و موعظه» ای که از آن آیه استفاده می شود، اشاره می کند و نیز اگر مطلبی عرفانی و اشراقی وجود داشته باشد آن را بیان می کند و در پایان تحت عنوان «التفسیر و التاویل على اختلاف المسالک و المشارب». به جمع بندی مباحث گذشته و آرا و نظرات تفسیری گوناگون پرداخته و در ضمن آن با تبیین کامل و نهایی مفهوم آیه، دیدگاه خود را بیان می کند.
در این قسمت، ایشان نخست دیدگاه پیروان تفسیر روایی را با عنوان « على مسلک الاخباریین» درج می کند، آنگاه نظرات اصحاب اجتهاد و رای را می آورد، سپس دیدگاه «اهل ذوق و عرفان» و یا «انس و عرفان» و نیز «فلاسفه و حکما» مانند صدرالمتالهین و غیره را می آورد. خوانندگان محترم می توانند به عنوان نمونه، تفسیر آیه ۳۱ سوره بقره را در جلد چهارم تفسیر ایشان چند گفتار ملاحظه و تطبیق نمایند.
جمع بندی و ذکر نقاط قوت و ضعف این تفسیر: یکی از فضلا اخیرا با نگارش مقاله ای به نقد و ارزیابی علمی تفسیر مرحوم حاج آقا مصطفی پرداخته و نکته های مفیدی را یادآور شده است. که البته در مقام بررسی تفصیلی این کتاب و ذکر نقاط قوت و ضعف آن بیش از اینها می توان نکته استخراج کرده و مطلب نوشت ولیکن هدف ما بر اختصار است.
به رغم محسناتی که این تفسیر دارد و محتوای آن بیانگر شخصیت علمی جامع مؤلفش است. از نقاط ضعف واضح نیز به دور نمی باشد که از جمله آنها زیاده روی در طرح مباحث تخصصی و علمی در ذیل و ضمن تفسیر آیات قرآن مجید است. این مسأله باعث شده است که گاهی بسیاری از مباحث و مسائل غیر مربوط به تفسیر نیز در آن بیاید و موجب طولانی شدن بدون دلیل کتاب گردد. چنان که تفسیر سوره حمد به تنهایی بالغ بر حدود ۲۲۰ صفحه گردیده است. همان گونه که آن مرحوم به بهانه تفسیر «بسمله» بحث دراز دامنی درباره موضوع حرمت و حلیت مس اسم جلاله خداوند انجام داده و در آن همه شقوق فقهی و روایات را آورده است. هر چند که نمی توان تفسیر شهید سید مصطفی خمینی را با تفسیر طنطاوی مقایسه کرد ولیکن گرایش به درج مباحث تخصصی غیر تفسیری و دستاوردهای علوم مختلف در آن بیش از حد معمول است. به ویژه مباحث فلسفی، عرفانی، فقهی و ادبی. با این حال از نقل مباحث تخصصی مربوط به علوم تجربی و طبیعی اثر کمتری در آن هست و این نیز شاید به دلیل عدم تخصص مؤلف در این رشته ها بوده است.
با لحاظ نکات یاد شده در مقام تعیین جایگاه این تفسیر در میان تفاسیر مختلف (از نظر شیوه تفسیری) به دلیل اجتماع گرایش های مختلف ضرر عمده انباشت مطالب علمی و مباحث تخصصی در یک کتاب تفسیری این است که جنبه های هدایتی و پرورش روح قرآن را تحت الشعاع قرار می دهد که هدف اصلی قرآن مجید است.
با این همه روح آزادگی و عدم تقلید در سراسر کتاب هویدا است. چنان که می بینیم مرحوم حاج آقا مصطفی به رغم احترام، عمیقی که به والد بزرگوار خود امام خمینی (رضی الله عنه) دارد، در مواردی به صراحت و با احترام نظرات ایشان را نیز نقد و رد کرده است. از جمله در جایی که ایشان درباره نخستین واضع لغات و زبانها بحث می کند نظر امام خمینی (رضی الله عنه) را مبنی بر اینکه واضع لغات خداوند متعال و یا فرشتگان هستند، رد می کند و می گوید: «الحق احق ان یتبع من عقول الرجال» (تفسیر القرآن الکریم، ج ۱، ص ۱۰۹. )
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390
