مخفی ماندن مسئله شهادت خیلی حرف دارد. یکی از ادله مهم شهادت ایشان حرکت نهضت و انقلاب بود. یعنی غیر از خون شهید نمی تواند چنین کاری بکند.

سالی پنج مرتبه با مرحوم حاج آقا مصطفی پیاده به کربلا می رفتیم. از نجف تا کربلا حدود ۸۰ کیلومتر بود. دو شب تو راه بودیم.

سید مصطفی شجاعت بی نظیری داشت. همان شجاعت امام را داشت. از هیچ چیزی نمی ترسید. یک نمونه امام بود. امام کوچک بود. کسانی که او را مسموم کردند می دانستند که چه شخصیتی را به شهادت می رسانند.

سید مصطفی به قدری جذابیت داشت که دشمنش هم وقتی می دید نمی توانست اظهار انزجار کند. این چیز عجیبی بود که من در ایشان دیدم. اینها الطاف الهی است.

در یکی از گزارش های ساواک تهران آمده است که حدود سه هزار نفر از طلاب علوم دینی و اهالی شهر قم به تهران آمده اند تا در مجلس مسجد ارک شرکت کنند.

با وجود اینکه سید مصطفی خمینی فرزند یکی از مراجع طراز اول بود، در تمام مراحل زندگی ساده زیست و سطح زندگی او از حد زندگی یک طلبه ساده فراتر نرفت و این مسأله در وصیت نامه اش کاملا مشهود است.

سید مصطفی در طول ۱۲ سال اقامت در عراق، حلقه اتصال اجزای نهضت اسلامی در ایران و نقاط مختلف جهان، با کانون آن در نجف و همچنین مسئول ایجاد و برقراری رابطه با مبارزین در سطوح مختلف بود