هیدروکسی کلروکین داروی پرمصرفی در درمان بسیاری از بیماری‌های التهابی مانند روماتوئید آرتریت و انواع التهابات مفصلی و بیماری لوپوس می‌باشد که همگی از دستۀ بیماری‌های خودایمنی هستند.