مدل یادگیری ماشین به تعیین ساختارهای پروتئینی کمک می کند. مدل یاد می گیرد که چگونه آمینو اسیدهای منفرد عملکرد پروتئین را تعیین می کنند. لذا با استفاده از این مدل می توان به طراحی پروتئین پرداخت.