یک ترکیب مولکولی از دو و یا چند غیر فلز تشکیل شده است. آب یکی از رایج ترین ترکیبات مولکولی یافت شده بوده و پس از آن دی اکسید کربن، کربن مونوکسید، هیدروژن پراکسید و متان می باشد.