امام خمینی قدس سره فرمان تأسیس جامعه‌الزهرا علیهاالسلام را در تاریخ ۳۱ مرداد سال ۱۳۶۳ صادر کرد و هم اکنون این مؤسسه علمی آموزشی به عنوان بزرگترین حوزه علمیه خواهران در جهان تشیع مطرح است.