حوزه‌ی علمیه‌ی مشهد که اینک در شمار مهم ترین و معتبرترین حوزه‌های علمیه‌ی شیعی است، مراحل تاریخی مختلفی را پشت سر گذاشته است. در این بخش، روند تاریخی تکوین و تکامل این حوزه در پنج مرحله بررسی می‌شود: