با این که سید مصطفی خمینی شخصیتی بودند، در حوزه درس داشتند، ولی موقع ورود به منزل خم می شدند و دست مادرمان را می بوسیدند و می نشستند؛ یعنی اگر مادر می نشست، ایشان بلند می شدند و تواضع می کردند.

اساتید اصلی شهید مصطفی خمینی امام خمینی و آیات عظام بروجردی، حجت کوه کمره ای، محقق داماد و رفیعی قزوینی هستند.

از سیاست خیلی حرف می زدند. اخبار و مسایل جامعه را به آقا منتقل می کرد، چرا که هم بیشتر در اجتماع بود و هم با ایرانی‌ها در ارتباط بود.

دین باوری، ایمان به خداوند، رسالت و ولایت بود، به صورتی که این اعتقاد و تدین در ابعاد گوناگون زندگی ایشان خودنمایی می کرد.