وی چند روز در بیمارستان چمران بستری بود.
متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم پرهیزگار و خدمتگزار جناب حجةالاسلام و المسلمین آقای حاج شیخ محسن حبیبی رحمةالله علیه را به خاندان محترم و مکرّم ایشان و به همه‌ی ارادتمندان و شاگردان و مستفیذان از محضرشان تسلیت عرض می‌کنم.
خدمات ارزنده‌ی ایشان چه در محیط دانشگاه و چه در مدرسه‌ی علمیه‌ی مجتهدی (ره) و چه در عرصه‌های عمومی مایه‌ی علوّ درجات این روحانی عالیقدر خواهد بود ان‌شاءالله. رحمت و مغفرت الهی برای آن مرحوم و صبر و اجر برای بازماندگان از خداوند متعال مسألت می‌کنم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱۵ اسفند ۱۳۹۸
منبع:
1. خبرگزاری مهر آیت الله « محسن حبیبی» درگذشت
2. باشگاه خبرنگاران/پیام تسلیت رهبر انقلاب در پی درگذشت حجت‌الاسلام والمسلمین محسن حبیبی
