در باره تألیفات حاج آقا مصطفی او، نه تنها در زمینه تدریس و شاگرد پروری، فردی پرتلاش و موفق بود. بلکه در زمینه پژوهش و نگارش و تالیف کتابهای سودمند نیز، بسیار موفق و پیشاهنگ به حساب می آمد. برخی از آثار قلمی و تالیفات ایشان که به چاپ رسیده و پخش شده است، نشانگر مقام علمی آن مرحوم و گستردگی پژوهش های او در زمینه های مختلف است.
در هر صورت، تألیفات عمده و آثار قلمی قابل ذکر آن بزرگوار از این قرار است: ۱- القواعد الحکمیه؛ نوشته ای است در فلسفه متعالیه و به عنوان حاشیه و تعلیقهای بر کتاب «أسفار» صدرالمتالهین شیرازی (مخطوط). ۲- کتاب البیع؛ یک دوره کامل مباحث استدلالی بیع (در ۳ جلد، خطی). ۳- مکاسب محرمه؛ دو جلد در فقه استدلالی (خطی). 4- کتاب الاجاره؛ یکی از مباحث فقه که به صورت استدلالی بحث کرده بودند و گفته می شود که نسخه دست نویس آن در یورش مأموران ساواک به خانه او، به همراه ۳۰۰۰ جلد کتاب دیگر به غارت رفت. ۵- مستند تحریرالوسیله؛ شرح کتاب فقهی و فتوایی حضرت امام خمینی (رضی الله عنه). 6- تعلیقهای بر عروه الوثقی؛ متن اصلی کتاب عروه الوثقی که به طور خلاصه «عروه» نامیده می شود، نوشته فقهی و فتوایی مفصل از فقیه بزرگوار، سید کاظم یزدی (رضی الله عنه) است، که بعد از ایشان فقها و مراجع تقلید شیعه، حواشی و تعلیقات زیادی بر آن نوشته اند، حاج آقا مصطفی خمینی نیز از جمله کسانی است که بر این کتاب، تعلیقه زده و فتاوای خود را بر آن افزوده است. قابل ذکر است که توانایی بر نوشتن این قبیل کتابها از نظر عرف حوزه های علمیه، نشانه اجتهاد فقهی نویسنده آن است. ۷- تحریرات فی الاصول؛ یک دوره علم اصول، به سبک استدلالی و مفصل است. جلد اول آن به همت آقای سید محمد سجادی، توسط وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی (۵۶۱ صفحه، قطع وزیری) به چاپ رسیده است. ۸- شرح زندگانی ائمه معصومین؛ این اثر، در تاریخ ائمه معصومین و فقط تا شرح حال امام حسین (علیه السلام) نوشته شده، اما هنوز به چاپ نرسیده است. ۹- کتاب اصول؛ کتاب مختصر دیگری به جز تحریرات فی الأصول که در علم اصول فقه نوشته شده است. خطی. ۱۰- القواعد الرجالیه؛ کتابی در مباحث علم رجال، که از علوم ابزاری و پیش نیاز فقه استدلالی است. ۱۱- کتابی در بحث نکاح و در موضوع فقه. ۱۲- تفسیر القرآن الکریم.
روش تفسیری حاج آقا مصطفی
چنان که گفته شد، یکی از آثار قلمی ارزشمند حاج آقا مصطفی خمینی، کتاب تفسیر قرآن کریم است که متأسفانه ناتمام مانده است. این کتاب در بردارنده تفسیر آیات سوره حمد و شماری از آیات اوایل سوره بقره (آیه 6-41) است و در 4 مجلد به اهتمام آقای سید محمد سجادی اصفهانی در سال ۱۳۹۲ از سوی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی به چاپ رسیده است. البته مجلد اول آن، قبلا توسط مطبوعاتی اسماعیلیان، در قم به چاپ رسیده بود که شامل جلد اول و جلد دوم (تا صفحه ۱۲۲)، از چاپ ارشاد است. متاسفانه چاپ و نشر این اثر ارزشمند مطلوب نیست، چرا که دارای اغلاط فاحش و فراوان بوده و فاقد فهرستهای لازم است. آن مرحوم، تفسیر هر آیه قرآن را در ابعاد و تخصص های مختلف، مورد توجه قرار داده است. نوشته ایشان در این مورد، با طرح تفسیر نانوشته آیت الله سید حسن مدرس (رضی الله عنه) همسویی، هماهنگی و مشابهت دارد. چنان که بیش تر گفتیم. در میان اوراق باقیمانده دست نویس سید حسن مدرس (رضی الله عنه) پیش نویس طرح تفسیری وجود دارد که اخیرا شناسایی و معرفی شده است. آن طرح، مشابهت زیادی با طرح کتاب تفسیر مرحوم حاج آقا مصطفی دارد. با اینکه طرح مدرس جزو اسناد خانوادگی بوده و تا همین چند سال اخیر در هیچ جا منتشر نگردیده و دیده نشده است. طرح مدرس، در میان اوراق شخصی او قرار داشت و آن را آماده کرده بود تا بر آن اساس تفسیر قرآنی نوشته شود و در مدرسه سپهسالار سابق مورد تدریس قرار بگیرد اما بر اثر بازداشت و زندانی شدنش توسط دستگاه رضاخان میرپنج و عمال انگلیس در ایران، نتوانست طرح خود را تبدیل به کتاب کند، تا اینکه به شهادت رسید.منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390
