امام راحل 30 بهمن‌ماه سال 58 و زمانی که در بیمارستان قلب تهران بستری بودند، بنی‌صدر را در حکمی برای آنچه ایشان "احتیاج به تمرکز قوا" می‌دانست، به این سمت منصوب کردند.
ابوالحسن بنی‌صدر از مبارزان سیاسی علیه رژیم پهلوی در خارج از کشور و از نزدیکان به جبهه ملی بود، در اولین انتخابات ریاست‌جمهوری که 5 بهمن‌ماه 1358 برگزار شد، توانست حدود 11 میلیون رای را به خود اختصاص دهد. پیروزی بنی‌صدر در شرایطی بود که حزب جمهوری اسلامی مهم‌ترین رقیب وی کاندیدایی برای این انتخابات نداشت و جلال الدین فارسی نامزد اصلی حزب نیز به‌دلیل آنچه ایرانی‌الاصل نبودن عنوان می‌شد از شرکت در انتخابات بازماند.
امام راحل در جلسه تنفیذ حکم بنی‌صدر برای ریاست‌جمهوری توصیه‌ای به وی داشت که می‌توانست مانع از اتفاقات بعدی باشد. ایشان فرمودند "من یک کلمه به آقای بنی صدر تذکر می‌دهم، که آن یک کلمه تذکر برای همه است: حبّ الدنیا رأس کلّ خطیئة. هر مقامی که برای بشر حاصل می‌شود، چه مقامهای معنوی و چه مقامهای مادی روزی گرفته خواهد شد و آن روز هم نامعلوم است. من از آقای بنی‌صدر می‌خواهم که مابین قبل از ریاست جمهور و بعد از ریاست جمهور در اخلاق روحی شان تفاوتی نباشد. تفاوت بودن دلیل بر ضعف نفس است."
بنیانگذار جمهوری اسلامی رئیس‌جمهور منتخب را به فرماندهی کل قوا و همچنین ریاست شورای انقلاب منصوب کردند با اینحال وی به‌جای همکاری با انقلابیون اصیل مانند حزب جمهوری اسلامی و جامعه مدرسین، به همکاری با مجاهدین خلق و برخی افراد مسئله‌دار پرداخت که محل تجمع آنها در دفتر بنی‌صدر و همچنین دفتر همکاری‌های مردم با رییس‌جمهور بود که بنی‌صدر برای فعالیت در انتخابات مجلس اول آنجا را راه انداخته بود.
با آغاز جنگ تحمیلی، بنی‌صدر که از جانب امام فرماندهی کل نیروهای مسلح را برعهده داشت از کمک به جبهه‌ها دریغ کرد و یکی از عوامل اصلی سقوط خرمشهر تعلل بنی‌صدر در کمک به نیروهای مردمی بود. آیت‌الله خامنه‌ای در جلسه بررسی عدم کفایت بنی‌صدر در مجلس شورای اسلامی در نطقی طولانی، علل سقوط خرمشهر و قصور بنی‌صدر در این ماجرا را تشریح می‌کند که برای خواندن مشروح سخنان ایشان می‌توانید به اینجا مراجعه کنید.
بنی‌صدر که با حزب جمهوری اسلامی مشکل داشت، تلاش کرد سپاهیانی که به حزب و شهید بهشتی نزدیک بودند را برکنار کند و بهمین‌دلیل فرماندهان ارشد سپاه مانند عباس دوزدوزانی و ابوشریف نتوانستند با بنی‌صدر کار کنند و استعفا دادند.
علاوه بر اشتباهات جنگی بنی‌صدر و تحلیل‌های نادرست او که در عزل وی از فرماندهی کل قوا بی‌تاثیر نبود، مسئله دیگری که امام راحل را بر آن داشت تا بنی‌صدر را عزل کند، ماجرای کشف یک کودتا بود.
اکبر براتی قائم‌مقام وقت اطلاعات سپاه در غرب کشور، در مصاحبه‌ای با تسنیم از کشف یک کودتا در خردادماه 60 خبر داد که باهوشیاری شهید بروجردی خنثی شد.
براتی در این‌باره می‌گوید: بنی صدر 3 روز در غرب کشور بود و صبح روزی که شبِ آن عزل شد، قرار بود بیاید در سپاه و صبحگاه مشترک سپاه و ارتش را در آنجا به عنوان جانشین فرمانده کل قوا حضور داشته باشد و صحبت کند. ما سپاه را برای او آماده کرده بودیم ولی در عین حال خدا شرایطی را به وجود آورد که ما از جریان جلسات مخفی آنها در قرارگاه مقدم نیروی زمینی در غرب کشور مطلع شدیم و آنها را گزارش کردیم.
وی درباره نتایج حاصله از دیدارهای بنی صدر با این گروه‌ها می‌گوید: "نتایج حاصله این بود که قرار شد جانشین فرمانده کل قوا(بنی‌صدر) به لشکر 81 کرمانشاه و لشگر 64 ارومیه ابلاغ کند که شماها برای دفاع از خوزستان بروید جنوب کشور. در این صورت در کردستان برای پشتیبانی از بچه‌هایی که به سختی داشتند وجب وجب خاک کردستان را تحویل می‌گرفتند، چیزی نمی‌ماند... من با اجازه‌ای که از فرماندهی اطلاعات سپاه داشتم، در موارد اضطرار و استثناء اجازه داشتم که مطالب را به امام برسانم و رای شهید بروجردی هم به عنوان فرمانده حاضر در منطقه این بود که شما موظف و مسئول این پرونده هستید چون شهید بروجردی، من و یک شخص دیگر در جریان بودیم، هیچ کس در جریان این مسائل نبود که اکنون فقط ما دو نفر زنده هستیم.
ما همچنین اطلاعاتی که از داخل جلسات آقای بنی صدر با افراد مختلف می‌رسید را به دوستان در دفتر امام انتقال می‌دادیم. آنجا هم سربسته به ما گفتند که ما از طریق حاج احمدآقا(ره) به منزل امام انتقال می‌دهیم و نظرات امام را می‌گیریم و به شما میگوییم. برگردیم به داستان حاج احمدآقا! امام فرموده بودند امشب برای شما خبری دارند. ما نمی‌دانستیم عزل در کار است چون صدها سند و نامه در یک ساله گذشته توسط شهید بهشتی، حضرت آقا و آیت‌الله هاشمی برای امام ارسال می‌شد و مطالب و خطرات بنی‌صدر را تذکر می‌دادند ولی امام می‌فرمودند که بروید و باهم بسازید اما این اخبار جدید حاکی از یک کودتای بسیار خطرناک بود.
اینها قرار بود با سبک کردن حضور ارتش در غرب راه را باز کنند و جریانات مختلف ضد انقلاب از آنجا عبور کنند و به کرمانشاه بیایند و در آنجا خیمه بزنند. کرمانشاه را در اختیار بگیرند و بعد به سمت تهران بیایند و در تهران منافقین که مسلح و آماده بودند، بریزند و مراکز قدرت را بگیرند. بیت امام را هم محاصره کنند و جانشین فرمانده کل قوا(بنی‌صدر) هم اعلام کند که مردم نگران نباشید! همه چیز تحت کنترل است. به دلیل سوء مدیریت سپاه و ناتوانی نیروهای آموزش ندیده سپاه، امنیت در کشور متزلزل شده و من به عنوان جانشین فرمانده کل قوا امنیت تهران را به آقای رجوی محول می‌کنم و این سازمان آموزش دیده و مبارز بر امنیت کشور حاکم می‌شود.
بعد فرماندهان سپاه را عزل کنند و بگویند شما اگر می‌خواهید بروید در جنگ بجنگید و اگر نمی‌خواهید بروید دنبال کارهای خودتان. فرماندهانی هم که رجوی برای سپاه و ارتش تعیین می‌کند، وارد این داستا‌ن‌ها نمی‌شدند."
با توجه به اطلاعاتی که نیروهای سپاه در آن زمان کشف و گزارش کردند و همچنین سایر اشتباهات نظامی بنی‌صدر، وی با حکم امام راحل از فرماندهی کل قوا عزل شد. از آن روز تا 31 شهریور که عدم کفایت او از ریاست جمهوری در مجلس تصویب شد از مخفیگاه خود بیرون نیامد. در این روز 177 نفر در مقابل 12 رأی ممتنع و یک رأی مخالف، بر عدم کفایت بنی‌صدر متفق‌القول بودند. وی بعد از مدتی در تاریخ 6 مردادماه همان سال به‌همراه مسعود رجوی با پوشش زنانه از طریق فرودگاه مهرآباد از ایران گریخت و به فرانسه پناهنده شد.
.jpg)
