متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
رحلت عالم جلیل مرحوم آیت‌الله آقای حاج سید مهدی خلخالی رضوان‌الله‌علیه را به بیت محترم و همه‌ی ارادتمندان و شاگردان ایشان در تهران و مشهد تسلیت عرض می‌کنم. ایشان فقیهی عالیقدر و مدرّسی بزرگ بودند و خدمات دینی و علمی با ارزشی به حوزه‌های علمیه و به محیط دینی کشور ارائه کردند. نوشته‌ای متین در باب حکومت اسلامی مانند دیگر نوشتجات فقهی و اصولی از یادگارهای برجسته ایشان است.
از خداوند متعال رحمت و مغفرت و علوّ درجات ایشان را مسألت می‌کنم.
