تاریخ‌پژوه مشهور معاصر، حجت الاسلام رسول جعفریان به ضرورت شناخت روابط ایران و عراق بر پایه مذهب تشیع بخصوص در تحولات مذهبی و اجتماعی سال‌های اخیر پی برده است. وی مجموعه پژوهش‌های میدانی و کتابخانه‌ای خود در موضوعات تاریخی، جغرافیایی، اتباع مهاجر و مرجعیت شیعه را در کتاب «تشیع در عراق، مرجعیت و ایران» گردآوری و تدوین نموده است. مؤسسه مطالعات تاریخ معاصر ایران چاپ اول این کتاب را در 143 صفحه و در پاییز 1386 روانه بازار کرد.
جعفریان موضوعات مختلف روابط مذهبی ایران و عراق با تاکید بر نقش مرجعیت را در 5 فصل آورده است:
عنوان فصل اول، «پیشینه تشیع در عراق» است. به نظر نویسنده، «سابقه تشیع در عراق بیش از هر نقطه دیگری در جهان اسلام است به طوری که می‌توان ادعا کرد تشیع اساسا در محیط کوفهشکل گرفته و به نقاط دیگر گسترش یافته است. تشیع عراق اصیل‌ترین نوع تشیع است که به لحاظ قدمت در قرن سوم و چهارم با تشیع قم برابری می‌کند.»(صفحه 1) وی مهمترین مقاطع تاثیر تشیع عراق بر ایران را در بُعد جغرافیایی مربوط به بغداد، نجف و حله و در مقیاس تاریخی مربوط به چهار برهه زیر می‌داند:
1. تاثیر تشیع قبلیه اشعری در قم در قرن دوم و هشتم،
2. تاثیر تشیع بغداد در قرون پنجم و ششم و یازدهم و دوازدهم،
3. تاثیر تشیع مکتب حله بر ایران در سده های هفتم و هشتم و سیزدهم و چهاردهم،
4. تاثیر تشیع نجف و جبل عامل بر ایران در قرن دهم و شانزدهم.
به نظر می‌رسد از مهمترین ادوار تاریخی تأثیر تشیع بر روابط عراق و ایران، دوره صفویه-عثمانی باشد. تقریبا همه مباحث فصل اول کتاب که بحث مقدمه تاریخی آن محسوب می‌شود به تحلیل این برهه می‌گذرد.
فصل دوم «جغرافیای انسانی و سیاسی شیعه در عراق» نام دارد. جعفریان به نقل از «حنا بطاطو» و برخی متفکرین دیگر عرب، آمارهایی از جغرافیا و انسان‌شناسی و جمعیت‌شناسی عراق می‌آورد که در همه آن ها جایگاه شیعه را مشخص کرده است. یک بخش مهم این فصل تحلیل جغرافیای سیاسی-مذهبی است که در چند صفحه آمده است. در این صفحات بین طوایف شیعه و سنی در قدرت سیاسی و اقتصادی مقایسه‌هایی صورت می گیرد.
نویسنده به نقل از بطاطو، احوال شیعیان در دهه های 1940 تا 1960را چنین توصیف می‌کند: «... البته همین طور که در این سنوات، شیعیان، ثرومندترین بودند، فقیرترین هم بودند، بخصوص جمعیت یک صد هزار نفری شروقی ها که مهاجرین العماره به بغداد بودند.»(صفحه 35)
فصل سوم که «گستردگی حضور اتباع ایرانی در عراق در آغاز قرن بیستم» نام دارد به نقطه‌ی عطفی در روابط مذهبی ایران و عراق اشاره دارد. مهاجرت ایرانیان در آغاز قرن بیستم دلایل زیادی داشت مانند: زیارت عتبات، تجارت، هواداری از شیخ خزعل و ... . طبق گزارش های کتاب، ایرانیان مسافر و مهاجر، در کشور عراق برای خود تشکیلات زندگی و حقوقی مفصلی را برقرار می‌کنند، به طوری که طبق یک گزارش: «در این سنوات اخیر عده آنها (زائران ایرانی عتبات عالیات) هر سال به چهل الی پنجاه هزار نفر می‌رسید... اکنون در بین النهرین ایرانی‌ها کلنی بزرگی تشکیل داده و در کلیه شهرهای مقدسه و متبرکه اکثریت دارند.»(صفحه 40) در این سال‌ها تعاملات ملیتی و نژادی هر دو کشور ایران و عراق گسترده و مناسب بود به طوری که دولت‌ها و ملت‌ها همدگیر را پذیرا بودند، برخی از زائران هویت ملی خود را عوض می‌کردند و به یکدیگر امکانات رفاهی می‌دادند.
بحث های اصلی و جدی‌تر در فصل چهارم آغاز می‌شود. عنوان این فصل، «مرجیعت شیعه، عراق و ایران» است. تاثیر مرجعیت به عنوان یک نهاد فکری و یک نهاد مردمی بر مسائل ملی ایران و عراق در این بخش بررسی می‌شود. جعفریان در یک بند به بیان مسأله خود پرداخته و می‌گوید: «نکته ای که درباره مرجعیت شیعه اهمیت دارد آن است که از زمان مطرح شدن ایران به عنوان تنها دولت مقتدر شیعه در پنج قرن اخیر، به طور طبیعی مرجعیت پیوند استواری با این کشور داشته و تا حدودی رنگ ایرانی داشته است. با این حال، به دلیل قدرت تشیع در عراق و شماری از بلاد عربی، شمار زیادی از عالمان برجسته شیعه و نیز در حد مرجعیت، از حوزه‌های عربی بوده‌اند.»(صفحه 51) نویسنده در این فصل، تأثیرات مرجیعت ایران بر عراق و بالعکس را در دو بخش تاریخی یعنی از آغاز تا دوره پادشاهی و در دوره پادشاهی آورده است.
فصل پنجم، «مرجیعت در عراق و چالش‌های پیش رو در دوره اخیر» نام دارد. این دوره از پایان مرجعیت آسید ابوالحسن اصفهانی و آغاز مرجعیت آیت الله حکیم تا زمان کنونی را در بر می‌گیرد. تحولات سیاسی-مذهبی عراق در رابطه با ایران و مرجیعت در سال‌های اخیر در این بخش بررسی شده است. حجت الاسلام جعفریان در دوران پس از صدام می‌نویسد: «از زمانی که مجلس حُکم در عراق تشکیل شده و بر اساس آمار و ارقام، به دلیل کثرت شیعیان، نقش آنان در این مجلس جدی‌تر شد، آیت‌الله سیستانی وارد قضایای عراق شد. این ورود بر اساس دیدگاه‌ها و ملاحظاتی بود که به صورت تعریف‌شده و یکسان در طول دوران مجلس حُکم، انتخابات برای تدوین قانون اساسی، رأی‌گیری برای آن، تشکیل مجلس، و انتخاب نخست‌وزیر و نیز در برخورد با اشغالگران مد نظر ایشان بود.» وی سپس دو اصل مد نظر آیت الله سیستانی در باب ورود مرجیعت به عرصه سیاست را توضیح می‌دهد.
در نقد کمی و کیفی کتاب باید به چند نکته اشاره کرد. نکته اول اینکه این کتاب مجموعه‌ی بحث های تاریخی و تحلیلی است. این مباحث در ظاهر پراکنده است. البته توجه به سیر موضوعات فصول کتاب نشان می‌دهد که گلچین این مطالب پراکنده هدفمند بوده است. رسول جعفریان بر تاریخ اسلام، تاریخ معاصر اسلام و تاریخ معاصر شیعه مسلط است. وی در کارنامه خود تالیفات سترگی مانند «تاریخ تشیع در ایران از آغاز تا طلوع دوره صفوی» را دارد. مطالب جعفریان در این کتاب، انتخاب هوشمند او از میان منابع و مطالب مختلف تاریخی، برای تبیین بهتر موضوع کتاب است. اما مهمترین نکته در تحلیل این کتاب، موضوع مهم نقش مرجعیت در روابط مذهبی و سیاسی ایران و عراق است. اهمیت پیشنیه و آینده این مسأله برای ما، بخصوص در فضای تحولات اخیر منطقه بیشتر ملموس است.
