یكی از شبهاتی كه از دیرزمان مطرح بوده و قرآن نیز بارها بدان اشاره فرموده است، این است كه عده‌ای، پیامبران را ساحر و معجزات آنان را سحر می‌نامیدند. از آنجا كه این شبهه در طول تاریخ مطرح بوده است،

اندیشمندان متأله، اعجاز را مستند به خداوند و علل آن را الهی می‌دانند، ولی اختلاف نظر دارند كه اعجاز، فعل خداوند است یا فعل پیامبران كه در این باره به سه دسته تقسیم شده‌اند: عده‌ای مانند بغدادی

از جمله شبهاتی كه در ردّ اعجاز مطرح شده، این است كه ممكن است مدعی نبوت كاری را كه به عنوان معجزه انجام می‌دهد، از دیگران آموخته باشد؟

یكی از شبهاتی كه مخالفان نقل و گاه بر آن تأكید می‌كنند، احتمال خطای ناقلان اخبار معجزات است. آنان می‌گویند: حتی اگر بپذیریم كه ناقلان اخبار معجزات، تبانی نكرده و افراد مورد وثوقی باشند و ادعا كنند معجزات...

شبهه‌ی احتمال تبانی از دیرباز مطرح بوده، از همان زمان نیز پاسخ‌های مناسبی بدان داده شده است. این شبهه به ابن‌راوندی نسبت داده شده است

از شبهاتی كه از دیر زمان تاكنون مطرح بوده است، شبهه‌ی اثبات‌ناپذیری معجزات به دلیل ظنی بودن نقل است. فخر رازی شبهه‌ی یادشده را به گروهی از فلاسفه منسوب كرده، آنان را از مروجان این شبهه می‌شمارد.

یكی از شبهاتی كه هیوم و برخی دیگر از دانشمندان مسیحی مطرح كرده‌اند «اثبات ناپذیری معجزات به دلیل مخالفت با قوانین طبیعت» است. هرچند این گفتار به نام «برهان هیوم» مشهور شده است، ولی برخی از

شبهه‌ی دیگری كه در این باره مطرح كرده‌اند، این است: اثبات اینكه كسی مانند معجزه را نمی‌تواند بیاورد، ممكن نیست؛ زیرا استقرای تام در زمان‌های گذشته غیرممكن است و استقرای ناقص هم مفید نیست؛

به پیامبران كارهایی نسبت داده می‌شود كه از نظر علمی، انجام آن كارها محال است؛ برای نمونه كسی كه از دنیا رفته است، محال است دوباره به دنیا برگردد

شبهه‌ی تنافی اعجاز با سنت الهی را برخی از مخالفان متأله همانند سیداحمد خان هندی مطرح كرده است كه خلاصه‌ی آن، چنین است: