آشنایی با پاستور

مقدمه

دانشمندان از مدت‌ها قبل در مورد نحوه‌ی پیدایش حیات حدس‌های فراوانی می‌زدند. گوشت فاسد، کرم می‌افتاد و رطوبت و کثافت باعث ایجاد کک و شپش می‌شد. به این ترتیب، این گونه به نظر می‌رسید که در صورت وجود شرایطی مثل گرما، رطوبت و گندیگی، حیات جدیدی به خودی خود از هیچ به وجود می‌آید. ولی این باور در قرن هفدهم میلادی توسط پزشکی به نام «فرانچسکو رِدی» مورد سؤال قرار گرفت. او عنوان کرد که کرم‌هایی که در ماده‌ی فاسد ظاهر می‌شوند، به نحوی از خارج به آن راه می‌یابند. رِدی طی آزمایش‌‎هایی که بر روی مواد فاسد انجام داد، به این نتیجه رسید که کرم‌ها از تخم به وجود می‌آیند، نه از ماده‌ی فاسد. با این حال، او به نتیجه‌گیری عجیب دیگری نیز رسید و آن این بود که کرمِ میوه و سبزی، خود به خود پدید می‌آید. علاوه بر رِدی، دانشمند دیگری به نام «لی‌ ون هوک» توانست ثابت کند این نظریه که صدف خوراکی از ماسه پدید می‌آید، صحت ندارد و صدف از تخم صدف به وجود می‌آید.
با وجود مطالعات رِدی و لی ون هوک، نظریه‌ی تولید خود به خود بیش از آن ریشه داشت که به راحتی از میان برود. حتی یک قرن پس از آن نیز «جان نیدم» و «لادزارو اسپالانتسانی» که هر دو درباره‌ی این موضوع به پژوهش پرداختند نیز با یکدیگر اختلاف نظر داشتند. نیدم تولید خود به خود را قبول داشت و با اسپالانتسانی بر سر این موضوع به مباحثه پرداخت. اسپالانتسانی برای ردّ نظرات نیدم آزمایش‌هایی انجام داد. او مواد غذایی خیس خورده را در ظروف شیشه‌ای سربسته جوشاند و نشان داد که محتوی این ظروف از آن پس در مقابل دگرگونی و رشد موجودات ریز مصون می‌ماند. ولی از شیوه‌ای که اسپالانتسانی به کار برد، ایراد گرفتند. گفته می‌شد که هوای ظروف سربسته ممکن است چنان دگرگون شده باشد که تولیدخود به خود را ناممکن سازد.
با آغاز قرن نوزدهم میلادی، این مسئله توسط پژوهش‌گران دیگر بیشتر بررسی شد. «تئودور اشوان» در سال 1836 میلادی نشان داد که آبِ گوشت جوشیده را می‌توان در ظروفی که هوای آن‌ها مدام تعویض می‌شود حفظ کرد؛ با این شرط که هوا قبل از ورود به ظرف، حرارت داده شود. آزمایش اشوان بسط آزمایش «فرانتس شولتسه» بود که یک سال قبل صورت گرفته بود. شولتسه ظرف مورد نظر را در دستگاهی قرار داده بود که اجازه می‌داد هوا از مجرایی پر از اسید سولفوریک به داخل ظرف مکیده شود. این آزمایش‌ها نشان دادند که این خود هوا نیست که باعث ایجاد فساد می‌شود، بلکه عامل فساد چیزی در هواست که بر اثر حرارت می‌توان آن را از بین برد.
با وجود تمامی این پژوهش‌ها، «فلیکس پوشه» که زیست‌شناسی برجسته و عضو فرهنگستان علوم بود، هنوز به تولید خود به خود عقیده داشت و در مقاله‌ای که در سال 1858 میلادی منتشر کرد، مدّعی شد که آن را به اثبات رسانده است. ولی در همین زمان، «لویی پاستور» بر این نکته اصرار داشت که تمامی گونه‌های حیات از والدین زنده به وجود می‌آیند. به همین دلیل، پاستور تصمیم گرفت تا بطلان نظریه‌ی تولید خود به خود را ثابت کند.
پاستور ثابت کرد که قسمتی از گرد و غبار موجود در هوا را موجودات ریز ذرّه‌بینی تشکیل داده‌اند و علت فاسد شدن مواد غذایی که در معرض هوا قرار می‌گیرند نیز همین موجودات ریزند. او تصمیم گرفت عکس این موضوع را هم ثابت کند و نشان بدهد که اگر مواد غذایی با گرد و غبار هوا در تماس نباشند، هیچ موجود زنده‌ای در آن‌ها به وجود نمی‌آید. پاستور برای این کار، آبِ گوشت جوشیده را به طور غیر مستقیم در معرض هوا قرار داد. به این ترتیب که آبِ گوشت را در شیشه‌ای که دهانه‌ای بلند و خمیده داشت، ر یخت. با این که هوا می‌توانست وارد ظرف شود، غبار موجود در هوا در قسمت خمیده‌ی دهانه‌ی لوله متوقف می‌شد. به این ترتیب، غذا سالم ماند و هیچ موجود زنده‌ای نیز در آن به وجود نیامد. مسلماً در این مورد، طرفداران نظریه‌ی تولید خود به خود نمی‌توانستند ادعا کنند که هوای داخل ظرف دگرگون شده است. بهترین دلیل اثبات این موضوع در انستیتو پاستور موجود است. امروز هر کس می‌تواند ظروف آبِ گوشتی را که توسط لویی پاستور تهیه و استریل شده و با گذشت سال‌ها هنوز فاسد نشده است ملاحظه کند.
آخرین هواداران نظریه‌ی تولید خود به خود نیز در سال 1876 میلادی، زمانی که «جان تیندال» انگلیسی تجارب پاستور را با دقت تجدید کرد، تسلیم شدند.

زندگی و کار پاستور

لویی پاستور در 27 دسامبر سال 1822 میلادی در شهر «دُل» واقع در شرق فرانسه متولد شد. پدر پاستور «ژان ژوزف» نام داشت و دبّاغ بود. دبّاغی و چرمسازی در خانواده‌ی پاستور حرفه‌ای خانوادگی بود؛ به طوری که جدّ، پدر بزرگ و پدر پاستور هر یک برای خود کارگاه دبّاغی داشتند.
ژان ژوزف پاستور در سال 1812 میلادی به خدمت ارتش فرانسه درآمد. او عضو هنگ سوم ارتش ناپلئون بود و در سال‌های 1813 و 1814 میلادی در جنگ شبه جزیره خدمات درخشانی انجام داد. در سال 1815 میلادی از خدمت مرخص شد. در این زمان، درجه‌ی گروهبان یکمی داشت و نشان «لژیون دو نور» به او اعطا شده بود. او پس از بازگشت به زندگی غیر نظامی، همچون پدرش شغل دبّاغی را پیشه کرد. ژان ژوزف در سال 1816 میلادی با «ژان اتینت رُکی» ازدواج کرد. آن دو پس از ازدواج در «بزانسون» به شهر دُل رفتند و چهار فرزند از پنج فرزندشان در آن جا متولد شدند. لویی فرزند سوم خانواده بود. قبل از او یک پسر به دنیا آمده بود که در کودکی مرد و یک دختر که در سال 1818 میلادی متولد شده بود. دو دختر نیز بعد از لویی به دنیا آمدند.
خانواده‌ی پاستور در سال 1825 میلادی به «مارنوز»، روستای محل سکونت خانواده‌ی رُکی، نقل مکان کرد. آن‌ها یک سال بعد به شهر «آربوا» رفتند. ژان ژوزف، دباغخانه‌ای در کنار رود «کویزانس» اجاره کرد. لویی در این شهر بزرگ شد و بعدها گه گاه به آن جا باز می‌گشت.
لویی دانش‌آموز برجسته و ممتازی به شمار نمی‌رفت و آثار نبوغ و استعداد خاص و فوق‌العاده‌ای در او دیده نمی‌شد. او دانش آموزی متوسط بود و علاقه‌ی زیادی به نقاشی داشت. لویی آرزو داشت روزی استاد هنرهای زیبا شود. چند طرح و نقاشی که از چهره‌ی پدر، مادر، دوستان و آشنایانش باقی مانده است نشان می‌دهد که وی استعداد قابل توجهی در نقاشی داشته است. ولی به نظر می‌رسد که پدرش او را از ادامه‌ی فعالیت‌های هنری منصرف کرده باشد. ژان ژوزف تحصیلات چندانی نداشت؛ با این حال فردی منضبط، مصمّم، خردمند، هوشیار و تا حدی اهل مطالعه بود. او آرزو داشت پسرش معلم شود. به این ترتیب ژان ژوزف، پسر 16 ساله‌اش را برای ادامه‌ی تحصیل به مدرسه‌ی شبانه‌روزی «باربت» در پاریس فرستاد. ولی لویی در پاریس غربت‌زدگی شد. او سخت برای خانواده‌اش دلتنگی می‌کرد. یک ماه بعد، لویی سخت بیمار شد؛ ولی به دوستانش می‌گفت: «اگر فقط یک بار بوی دباغخانه را استشمام می‌کردم، خوب می‌شدم.» ژان ژوزف پس از اطلاع از بیماری پسرش، بدون هیچ ملامتی او را از مدرسه بیرون آورد و لویی به آربوا و مدرسه‌ی قبلیش بازگشت.
لویی از این که نتوانسته بود در مدرسه‌ی باربت به درس خواندن ادامه بدهد، اندکی ناراحت بود. خانواده‌اش او را به پاریس فرستاده بودند تا معلم شود؛ ولی او به دلیل دلتنگی به آربوا بازگشته بود. او برای جبران این کار، کوشش زیادی از خود نشان داد و امتحانات نیمه‌ی سال را با موفقیت چشمگیری به پایان رساند. لویی پس از پایان امتحانات تصمیم گرفت برای ادامه‌ی تحصیل به بزانسون برود. بزانسون به آربوا نزدیک بود و او می‌توانست به راحتی به دیدار خانواده‌اش برود. به این ترتیب، لویی در حالی که 17 سال داشت، آربوا را ترک کرد و وارد کالج سلطنتی بزانسون شد.
لویی در بزانسون علاقه‌ی زیادی به شیمی نشان داد. او پس از به پایان رساندن کالج در همان جا به عنوان معلم مشغول به کار شد. پاستور در سال 1842 میلادی به پاریس رفت و در امتحانات ورودی دانشسرا شرکت کرد. او از عهده‌ی امتحانات برآمد؛ اما عقیده داشت که دانشش برای ورود به این دانشسرا کافی نیست. بنابراین، از ورود به دانشسرای پاریس خودداری کرد و تصمیم گرفت یک سال دیگر را صرف آماده‌سازی خود برای ورود به آن کند.
او در همان سال به مدرسه‌ی شبانه‌روزی باربت بازگشت. در این مدت، لویی پاستور در کلاس‌های درس دبیرستان «سن لویی» نیز شرکت می‌کرد. علاوه بر این، او در کلاس درس «ژان باتیست دوما»، استاد شیمی «دانشگاه سوربن» نیز حاضر می‌شد و طولی نکشید که از مریدان او شد. دوما در برانگیختن شور و شوق فراگیری علم شیمی در پاستور سهم عمده‌ای داشت. لویی در پایان سال تحصیلی 1843- 1842 میلادی موفق شد جایزه‌ی اول فیزیک دبیرستان سن‌لویی را دریافت کند.
پاستور در سال 1843 میلادی پس از یک سال، بار دیگر در امتحانات دانشسرای پاریس شرکت کرد. او این بار موفق به دریافت رتبه‌ی چهارم شد و در پاییز همان سال وارد دانشسرا شد.
لویی تا سال 1847 میلادی در دانشسرا به تحصیل و کار پرداخت. او در این مدت در کلاس درس شیمی‌دانان بزرگی همچون دوما و «آنتوان ژروم بالار» و بلورشناس مشهور، «بیو»، حضور می‌یافت. پاستور به تدریج ضمن فراگیری درس شیمی به دیگر مباحث علمی نیز علاقه‌مند شد.
لویی پس از به پایان رساندن دانشسرا به عنوان دستیار بالار مشغول به کار شد. کار با بالار به او امکان داد که تحصیلاتش را برای گرفتن درجه‌ی دکترا ادامه دهد. او در سال 1847 میلادی با تهیه‌ی رساله‌هایی در فیزیک و شیمی درجه‌ی دکترا گرفت. پاستور در حالی که در انتظار شغل مناسبی بود، به کار در دانشسرا ادامه داد و آزمایش‌هایی را بر روی «اسید تار تاریک» آغاز کرد که شهرت زیادی برای او به ارمغان آورد.
بیو در سال 1815 میلادی ثابت کرده بود که مواد آلی وقتی به حالت مایع یا محلول در می‌آیند، موجب دوران نور قطبی شده، (1) در جهت حرکت عقربه‌های ساعت یا خلاف جهت آن می‌شوند. او این پدیده را نتیجه‌ی عدم تقارنی می‌دانست که احتمالاً در ملکول‌ها وجود دارد. ولی بیو نتوانست به طور دقیق علت چنین پدیده‌ای را توجیه کند.
پاستور آزمایش‌های خود را در سال 1848 میلادی آغاز کرد. او متوجه شد که برخی از محلول‌های اسید تارتاریک، نور قطبی شده را در جهت حرکت عقربه‌های ساعت و بعضی دیگر آن را در خلاف جهت عقربه‌های ساعت منحرف می‌کنند. تعدادی نیز اصلاً نور قطبی شده را منحرف نمی‌کنند. پاستور بلورها را زیر میکروسکوپ بررسی و مطالعه کرد و دید که همه‌ی بلورها شبیه یکدیگر نیستند و نوعی عدم تقارن در آن‌ها دیده می‌شود. این عدم تقارن، شبیه یک جسم و تصویرش در آینه بود. پاستور معتقد بود محلول‌هایی که موجب دوران نور قطبی شده نمی‌شوند، باید مخلوطی از دو نوع محلول باشند که در آن، بلورهای محلول اول تأثیر بلورهای محلول دوم را خنثی می‌کنند. او برای اثبات این نظریه بلورهای محلولی را که نور قطبی شده را منحرف نمی‌کرد، زیر میکروسکوپ بررسی کرد و دید که نیمی از بلورها روی یک خط الرأس خود سطح کوچکی متمایل به راست و نیمی دیگر روی خط الرأس خود سطح کوچکی متمایل به چپ دارند. او این بلورها را از هم جدا کرد. سپس هر دسته را جداگانه به حالت محلول درآورد و ملاحظه کرد که یکی از محلول‌ها نور قطبی شده را در جهت حرکت عقربه‌های ساعت و محلول دیگر این نور را در خلاف جهت حرکت عقربه‌های ساعت منحرف می‌کند.
پاستور به کشف مهمی دست یافته بود. چند سال قبل از آن، شیمی‌دان معرفی به نام «میچرلیش» بلورهای اسید تارتاریک را بررسی و اظهار کرده بود که تمامی بلورهای آن مشابه یکدیگرند. پاستور در این زمان 26 ساله بود و هیچ گونه شهرتی نداشت. با این حال، از اعلام کشف خود نهراسید و نزد بیو رفت تا این موضوع را به او اطلاع دهد. بیو باور نمی‌کرد که جوانی کم تجربه بتواند به چنین کشفی دست یابد. برای او عجیب بود که چگونه می‌توان آن بلورهای بسیار ریز را از یکدیگر جدا کرد. اما پاستور آزمایش خود را در حضور بیو تکرار کرد و اختلاف بلورها و خواص آن‌ها را به او نشان داد. به این ترتیب، بیو صحت اظهارات وی را تأیید کرد. در واقع، پاستور ثابت کرد که دو نوع اسید تارتاریک وجود دارد. به این ترتیب، او طبقه‌ی جدیدی از مواد را کشف کرد.
تقریباً در همین زمان، لویی خبردار شد که مادرش در بستر بیماری و با مرگ دست به گریبان است. او بلافاصله خود را به آربوا رساند؛ ولی مادرش درگذشته بود. لویی پس از چند هفته، دوباره به پاریس بازگشت.
در سال 1848 میلادی پاستور به عنوان استاد شیمی دانشگاه «استراسبورگ» انتخاب شد. لویی از کار جدیدش راضی بود؛ زیرا این دانشگاه آزمایشگاه مجهزی داشت و او می‌توانست به تحقیقات خود ادامه دهد.
لویی پس از دو هفته اقامت در استراسبورگ، در یک مهمانی با «ماری لوران»، دختر رئیس دانشگاه آشنا شد. او به ماری علاقه‌مند شد و از رئیس دانشگاه تقاضای ازدواج با دخترش را کرد.
لویی پاستور و ماری لوران در 29 مه 1849 میلادی ازدواج کردند. در آن زمان پاستور 26 ساله بود و ماری 22 سال داشت. می‌گویند که پاستور دیرتر از موعد به مراسم رسید؛ زیرا نمی‌خواست آزمایشی را نیمه کاره رها کند. ماری همسر بسیار خوبی بود. او بیش از همه چیز به کار لویی اهمیت می‌داد، در آزمایشگاه به او کمک می‌کرد و گاهی هم تندنویسی یا منشی‌گری او را بر عهده می‌گرفت. لویی و ماری صاحب چهار دختر و یک پسر به نام‌های ژان، ژان باتیست، سیسل، ماری لوئیز و کامیل شدند.
پاستور در استراسبورگ، با وجود وظایف آموزشی، مطالعات خود را در زمینه‌ی فعالیت نور شناختی و عدم تقارن ملکولی گسترش داد . او فعالیت نوری را نه تنها در مورد بلورها نشان داد، بلکه دریافت که در محلول‌هایی که فاقد بلورند و ماده صرفاً به صورت ملکول‌های انفرادی است، این فعالیت نوری دیده می‌شود. وی به این نتیجه رسید که در ملکول‌ها نیز نوعی عدم تقارن وجود دارد. او طی سال‌های 1848 تا 1854 میلادی بیش از 20 مقاله در مورد عدم تقارن ملکولی به چاب رساند.
پاستور به اندازه‌ای غرق آزمایش‌های خود بود که وقتی برای غذا خوردن نداشت. او صبح زود به آزمایشگاه می‌رفت و تا دیر وقت کار می‌کرد. دوستانش به شوخی می‌گفتند: «لویی، ستون بنای آزمایشگاه است و اگر از آن جا بیرون برود، سقف آزمایشگاه فرو می‌ریزد.»
در سال 1851 میلادی لویی پاستور برای دیدار از کارخانه‌های ساخت اسید تارتاریک به آلمان و اتریش سفر کرد. هدف او از این سفر، یافتن منشأ «اسید پارا تارتاریک» یا «اسید راسمیک» و یافتن منابع جدیدی برای تهیه‌ی آن بود. در آن زمان، این اسید کمیاب شده بود و امکان تولید آن در آزمایشگاه وجود نداشت. به همین دلیل در سال 1851 میلادی «جامعه‌ی داروسازان پاریس» جایزه‌ای به مبلغ 1500 فرانک برای یافتن پاسخ این پرسش که چگونه می‌توان از اسید تارتاریک، اسید پاراتارتاریک به دست آورد، تعیین کرد.
پاستور پس از آزمایش‌های پی در پی درباره‌ی روش‌های گوناگون، سرانجام موفق شد اسید پارا تارتاریک را از پنج تا شش ساعت حرارت دادن اسید تارتاریک در دمای 170 درجه‌ی سانتی‌گراد به دست آورد. او در سال 1853 میلادی به خاطر بررسی‌هایی که درباره‌ی اسید پاراتارتاریک و بلورشناسی انجام داده بود، جایزه‌ی 1500 فرانکی جامعه‌ی داروسازان را دریافت کرد. علاوه بر این، به خاطر این تحقیقات، نشان «لژیون دونور» و «مدال رامفرد» از «انجمن سلطنتی» گرفت.
لویی پاستور در سال 1854 میلادی در حالی که 32 سال داشت، به استادی شیمی و ریاست بخش علوم دانشگاه «لیل» در شمال فرانسه منصوب شد. تنها چیزی که برای پاستور اهمیت داشت، فرصت ادامه‌ی تحقیقات علمی و تعلیم دانش بود؛ زیرا شهر لیل مرکز کارخانه‌های شیمیایی بزرگ و مجهز بود. در همین زمان، پاستور به فرایند تخمیر علاقه‌مند شد. او شیر ترشیده را زیر میکروسکوپ بررسی کرد و میله‌های ریزی را دید که در شیر ترشیده وجود داشت. در آن زمان، فرایندهای تخمیر، ترش و فاسد شدن و غیره، تغییرات شیمیایی محسوب می‌شدند؛ ولی پاستور متوجه شد که تمامی این فرایندها نتیجه‌ عملکرد میکروب‌ها یا موجودات بسیار ریزی‌اند که در هوا وجود دارند. لویی پاستور در دهه‌ی 1850 میلادی چگونگی فرایند تخمیر توسط مخمرها را کشف کرد. او در سال 1857 میلادی مقاله‌ی کوتاهی را در زمینه‌ی تخمیر شیری به «انجمن علوم و کشاورزی» لیل عرضه کرد. پاستور در این مقاله ثابت کرده بود که دلیل تخمیر، وجود موجودات زنده‌ای است که در خلأ نیز تکثیر می‌شوند. تکثیر این موجودات در شیر باعث ایجاد اسید لاکتیک و در نتیجه تخمیر قند شیر می‌شود.
پاستور دو ماه بعد از عرضه‌ی مقاله‌اش درباره‌ی تخمیر شیری، شهر لیل را ترک کرد و به دانشسرای پاریس رفت. او در آن جا به ریاست بررسی‌های علمی و مدیریت آکادمی استادان منصوب شد. پس از آن، خانواده‌ی پاستور نیز در دانشگاه جایگزین شد. ولی پاستور در آن جا آزمایشگاهی نداشت و به ناچار دو اتاق زیر شیروانی را برای این کار اختصاص داد. او در این آزمایشگاه به پژوهش درباره‌ی انواع دیگر تخمیر، به خصوص تخمیر سرکه‌ای پرداخت. پژوهش درباره‌ی تخمیر باعث شد که پاستور به یکی دیگر از کشفیّات مهم خود دست یابد.
در آن زمان صادرات فرانسه دچار رکود شدیدی شده بود و در نتیجه فرانسه سالانه میلیون‌ها فرانک از این بابت ضرر می‌کرد. به این ترتیب، صاحبان کارخانه‌های فرانسه از پاستور تقاضا کردند این موضوع را بررسی کند و چاره‌ای برای حل مشکل آن‌ها بیابد. پاستور بلافاصله آزمایش‌های میکروسکوپی خود را آغاز کرد. او پس از بررسی دقیق، علت ترشیدگی و چگونگی جلوگیری از آن را یافت. او متوجه شده بود که رشد و تکثیر موجودات ریز میکروسکوپی موجود در شیر موجب ترش شدن آن می‌شود و برای سالم نگاه داشتن باید این موجودات زنده را از بین برد. راه حلی که او برای این مشکل پیشنهاد کرد، عبارت بود از حرارت دادن شیر تا حدود 50 الی 60 درجه‌ی سانتی‌گراد او عقیده داشت که در این محدوده‌ی دمایی می‌توان میکروب‌هایی را که باعث ترش شدن می‌شوند را از بین برد. پاستور برای اثبات ادعای خود نمونه‌هایی را انتخاب کرد. او قسمتی از آن ها را به روش خود حرارت داد و بقیه را به حال خود گذاشت. پس از چند ماه، شیرهایی که حرارت دیده بودند سالم ماندند، در حالی که بقیه ترش شدند. از آن پس حرارت دادن شیر به منظور کشتن میکروب‌ها رواج یافت. این روش، به افتخار پاستور «پاستوریزه کردن» نام گرفت. به این ترتیب، پاستوریزه کردن - روشی که از فاسد شدن شیر و دیگر مواد غذایی جلوگیری می‌کند - ابداع شد.
در سال 1859 میلادی مصیبت بزرگی بر خانواده‌ی پاستور وارد شد. ژان، دختر بزرگ خانواده، به بیماری حصبه دچار شده بود و هیچ کس نمی‌توانست چگونه او را درمان کند. او در حالی که فقط نه سال داشت، در بستر جان سپرد. غم مرگ فرزند، لویی را سخت متأثر کرده بود. او از این که در رشته‌ی پزشکی تحصیل نکرده بود تا درمانی برای بیماری دخترش بیابد، تأسف می‌خورد.
پاستور تقریباً از وقتی که کار درباره‌ی تخمیر را آغاز کرد، به تحقیق درباره‌ی نحوه‌ی پیدایش موجودات ذره‌بینی علاقه‌مند شد. تا آن زمان اکثر فیلسوفان و دانشمندان معتقد بودند که موجودات ریزی که در مواد فاسد دیده می‌شوند، به جای علت، نتیجه‌ی عمل فسادند و خود به خود به وجود می‌آیند. آن‌ها تولید خود به خود را به عنوان یک واقعیت غیرقابل انکار پذیرفته بودند. به عبارت دیگر، آن‌ها مواد بی‌جان را سرچشمه‌ی پیدایش موجودات زنده می‌دانستند. «ویرژیل» مگس‌هایی را مثال می‌زد که از جسد گاو به وجود می‌آمدند. «ون هلموت» معتقد بود که اگر خمره‌ای را با پارچه‌های کهنه و آلوده، مقداری گندم و چند تکه پنیر پر کنند، موش خلق می‌شود. یک ایتالیایی به نام «بئونانی» ادعا می‌کرد که تیرهای چوبی پوسیده، مولد پروانه‌اند.
پاستور تصمیم گرفت آزمایش‌هایی برای بررسی فساد مواد غذایی انجام دهد. ولی او برای این کار به آزمایشگاه خاصی نیاز داشت. لویی به همین منظور ساختمان کوچکی را که جنب آکادمی بود خرید و آن را به آزمایشگاه تبدیل کرد. البته این مکان تازه نیز برای آزمایشگاه چندان مناسب نبود. پاستور هر بار که به کوره نیاز داشت، مجبور بود از زیر پله‌ها روی زمین بخزد تا به آن برسد. با وجود این، آزمایشگاه جدید از آزمایشگاه قبلی، یعنی اتاق‌های زیر شیروانی، بهتر بود.
لویی پاستور ثابت کرد که گردو‌غبار موجود در هوا حاوی موجودات ریز ذره‌بینی است و علت فساد مواد غذایی که در معرض گرد وغبار قرار می‌گیرند نیز وجود همین موجودات ریز است. او در یکی از آزمایش‌های خود دهانه‌ی شیشه‌ای را با پنبه بست و آن را برای مدتی در معرض گرد و غبار هوا قرار داد. گرد و غبار موجود در هوا رنگ پنبه را رفته رفته تیره کرد. سپس او مقداری آب را جوشاند تا تمام موجودات ریز موجود در آن از بین برود. این آب جوشیده در زیر میکروسکوپ هیچ موجود زنده‌ای نداشت. او پس از آن، پنبه‌ی مورد نظر را داخل این آب انداخت و مجدداً به بررسی آن با میکروسکوپ پرداخت. طولی نکشید که آب پر از موجودات زنده‌ی بسیار ریز شد. پاستور در یک آزمایش دیگر از شیشه‌هایی که دهانه‌ای بلند و خمیده به سوی پایین داشتند استفاده کرد. او شیشه‌ها را پر از آب کرد و آن‌ها را جوشاند. هوا از دهانه‌ی بلند و خمیده‌ی شیشه وارد آن می‌شد؛ ولی ذرات و موجودات ریز همراه آن در قسمت خمیده‌ی دهانه‌ی شیشه باقی می‌ماندند. او شیشه را کمی کج کرد تا آب درون آن به قسمت خمیده‌ی دهانه برسد و مجدداً آن را به حالت اول درآورد. سپس قطره‌ای از این آب را زیر میکروسکوپ گذاشت. این بار آب پر از موجودات ریز شده بود. این نشان می‌داد که این ذرات، وزن دارند. پاستور طی آزمایش‌های بسیاری که انجام داد، به این نتیجه رسید که تعداد موجودات ذره‌بینی موجود در هوا در برخی مناطق فراوان و در برخی نقاط اندک است. او شیشه‌هایی را تا نیمه پر از آب می‌کرد و دهانه‌ی آن‌ها را با ذوب کردن شیشه می‌بست تا هیچ هوایی وارد آن نشود. سپس آن‌ها را می‌جوشاند تا موجودات ذره‌بینی موجود در آب از بین برود. پس از آن، دهانه‌ی این شیشه‌ها را در مکان‌های مختلف می‌شکست و لحظه‌ای بعد دوباره دهانه‌ی شیشه را به همان روش اول می‌بست. بررسی آب موجود در این شیشه‌ها نشان داد که ذرات، به طور یکنواخت در هوا پراکنده نیستند و تعدادشان در مکان‌های مختلف و شرایط گوناگون، متفاوت است.
پاستور در سال 1861 میلادی در یک سخنرانی در انجمن شیمی پاریس نتایج عمده‌ی کارش را درباره‌ی نظریه‌ی تولید خود به خود اعلام کرد. پس از آن، این سخنرانی را به صورت مقاله‌ای که برنده‌ی جایزه شد، منتشر کرد. این مقاله ضربه‌ای جدی به نظریه‌ی تولید خود به خود وارد کرد. کار پاستور درباره‌ی تولید خود به خود در فرانسه هیجانی برانگیخته بود. این هیجان فقط به مجامع علمی محدود نمی‌شد. توجه مردم عادی نیز به این مسئله جلب شده بود؛ زیرا نظریه‌ی تولید خود به خود، بخشی از مشاجره‌ی بین ماده‌گرایی و روح‌گرایی در فرانسه بود. نظریه‌ی تولید خود به خود پشتیبان ماده‌گرایی بود؛ در حالی که نتایج تحقیقات پاستور از معنویت و روایت انجیلی از خلقت حمایت می‌کرد.
در سال 1863 میلادی فرهنگستان علوم هیئتی را برای بررسی اظهارات پاستور تعیین کرد. این هیئت پس از بررسی اظهارات طرفداران نظریه‌ی تولید خود به خود و نیز آزمایش‌ها و دلایلی که پاستور برای ردّ این نظریه ارائه داده بود، صحت اظهارات لویی پاستور را تأیید کرد.
در سال 1865 میلادی «ناپلئون سوم» امپراتور فرانسه، پاستور را به قصر «کومپینی» دعوت کرد. پاستور یک هفته به مهمانی در این قصر دعوت شده بود. او میکروسکوپش را نیز به همراه برده بود. تا موجودات ذره‌بینی را به ملکه و امپراتور نشان دهد. آن‌ها به تحقیقات پاستور علاقه‌مند شدند و امپراتور قول داد برای پیشرفت این تحقیقات آزمایشگاه مجهزی برای او بسازد.
پاستور از سال 1863 تا 1867 میلادی به عنوان نخستین استاد زمین‌شناسی، فیزیک و شیمی در زمینه‌ی کاربرد این رشته‌ها در هنر، در مدرسه‌ی عالی هنرهای زیبا تدریس می‌کرد. او در سال 1867 میلادی کرسی استادی شیمی دانشگاه سوربُن را که به وی پیشنهاد شده بود، پذیرفت. پاستور به عنوان عضو بخش کانی‌شناسی فرهنگستان علوم نیز پذیرفته شده بود و در جلسات هفتگی فرهنگستان به طور فعال شرکت می‌کرد. اما وقت‌گیرترین کار او در آن سال‌ها مسئله‌ی کرم ابریشم بود که از سال 1865 تا 1870 میلادی هر سال چند ماه او را از پاریس دور می‌کرد.
در سال 1865 میلادی پرورش دهندگان کرم ابریشم در فرانسه از بیماری ناشناخته‌ای که از 15 سال پیش به کرم‌ها هجوم آورده بود، به ستوه آمده بودند. این بیماری تولید ابریشم را در این دوره به 16 کاهش داده بود. تنها در «آله» - که مرکز پرورش کرم ابریشم فرانسه است - زیان ناشی از این بیماری در طول 15 سال به 120 میلیون فرانک رسیده بود. وخامت این مسئله توجه وزارت کشاورزی را جلب کرد. دوما، استاد پاستور که از اهالی آله بود نیز از موضوع با خبر شد. او نزد پاستور رفت و از او خواست راه‌حلی برای رفع این مشکل بیابد. پاستور با آن که تا آن زمان حتی یک کرم ابریشم ندیده بود و به کلی از بیماری مربوط به کرم‌های ابریشم بی‌اطلاع بود، تقاضای دوما را پذیرفت.
پاستور به آله رفت و با پرورش دهندگان کرم ابریشم به گفت‌و‌گو پرداخت. او کرم‌های بیمار و درمان‌های بیهوده‌ی آن‌ها را بررسی و گرد‌آوری تخم‌ها، لاروها و پروانه‌ها را آغاز کرد. علائم بیماری عبارت بود از کُند یا متوقف شدن رشد، تنبلی، از دست دادن اشتها و مرگ زودرس کرم‌ها. لکه‌های سیاه کوچکی نیز در پوست کرم‌ها پدید می‌آمد.
هنوز بیش از نه روز از اقامت پاستور در آله نگذشته بود که خبر رسید پدرش بیمار است. لویی به سرعت خود را به آربوا رساند. او در طول سفر از آن بیم داشت. که به موقع به بالین پدرش نرسد. همین طور هم شد. ژان ژوزف قبل از آن که بتواند برای آخرین بار پسرش را ببیند، چشم از جهان فرو بست. لویی با خاطری غمگین آربوا را ترک کرد و به آله بازگشت. او وظیفه‌ی سنگینی بر عهده داشت و نمی‌توانست وقت را از دست بدهد. پاستور نتوانست درمان قطعی و فوری برای بیماری کرم‌های ابریشم بیابد. پرورش دهندگان کرم ابریشم از این موضوع بسیار خشمگین بودند. آن‌ها او را شیمیدانی می‌دانستند که به هیچ وجه از کرم ابریشم سررشته ندارد؛ به همین دلیل، تمسخرش می‌کردند. هنگامی که پاستور از آن‌ها خواست تخم‌ها، پیله‌ها و کرم‌های بیمار را برای جلوگیری از سرایت بیماری به تخم‌های سالم نابود کند، به شدت خشمگین شدند و حتی برخی از آن‌ها به طرف او سنگ پرتاب کردند. آن‌ها با ناامیدی نامه‌ای به دولت نوشتند و از این که یک شیمی‌دان را برای حل مشکل آن‌ها فرستاده‌اند، گله کردند. دوما که در آن زمان سناتور منتخب‌آله بود، به آنان پاسخ داد که اگر پاستور نتواند به آن‌ها کمک کند، این کار از دست هیچ کس بر نخواهد آمد. او از آن‌ها خواست تا رسیدن فصل بهار صبر کنند.
از آن پس پاستور در جست‌و جوی چند پروانه‌ی سالم کوشید. او صدها پروانه را زیر میکروسکوپ نظاره کرد و سرانجام تنها چند جفت پروانه‌ی سالم یافت. او از پرورش دهندگان کرم ابریشم خواست تا این پروانه‌ها را جدا از یکدیگر نگاه دارند و تخم هر یک را گردآوری کنند. او معتقد بود که در بهار سال بعد کرم‌های سالمی از این تخم‌ها بیرون خواهد آمد. پاستور آله را ترک کرد و قول داد بهار سال بعد نزد آن‌ها بازگردد. او خود را سریعاً به پاریس رساند؛ زیرا کامیل، دختر کوچک دو ساله‌اش تب کرده و بیمار شده بود. لویی شب‌های پی در پی را بر بالین دخترش گذراند؛ ولی نتوانست علت بیماری را بیابد. سرانجام دختر کوچک پاستور پس از چند ماه بیماری درگذشت. هشت ماه بعد، سیسل، دختر 12 ساله‌ی پاستور دچار حصبه شد و از پای درآمد. پاستور، رنجور از کار طاقت‌فرسا و ضربه‌های روحی مکرر، در سال 1868 میلادی دچار خونریزی مغزی شد. این عارضه گویایی‌اش را مختل و دست چپش را فلج کرد. حالت نیمه فلج در سراسر عمر پاستور باقی ماند؛ به طوری که به راحتی نمی‌توانست سخن بگوید و همانند گذشته نمی‌توانست به اجرای آزمایش‌هایش بپردازد. پاستور به طراحی و هدایت آزمایش‌هایش با هوشیاری و دقت همیشگی ادامه می‌داد؛ ولی اجرای آن‌ها را غالباً به همکارانش واگذار می‌کرد.
چهار سال طول کشید تا پاستور توانست بیماری کرم‌های ابریشم را تشخیص دهد، علائم را ثبت و مسئله را حل کند. او دریافت که این بیماری در واقع نوعی عفونت میکروبی است و از کرم‌های بیمار به کرم‌های سالم سرایت می‌کند. او کرم‌های بیمار را نابود کرد و نسلی جدید از تخم‌های سالم پرورش داد. به این ترتیب، او به این اپیدمی پایان بخشید. نتیجه‌ی کار پاستور، انبوهی از پیله‌های سالم و بی‌نقص بود. این تلاش‌‎ها برای پاستور تقدیر نامه‌هایی را از سوی هیئت‌ها و پرورش‌دهندگان کرم ابریشم- که بسیاری از آن‌ها روش‌های او را به کار بردند- به ارمغان آورد. به علاوه، او به خاطر تلاش‌هایی که برای کمک به صنعت ابریشم کرده بود، پنج هزار فلورین از دولت اتریش پاداش گرفت.
پاستور تقریبا از زمانی که در مورد تخمیر و تولید خود به خود شروع به کار کرد، اشاراتی به نتایج پزشکی آن می‌کرد. او معتقد بود که تخمیر و بیماری، کیفیتی مشابه دارند و نظریه‌ی میکروبی می‌تواند در بیماری‌ها نیز مانند تخمیر کاربرد داشته باشد. پاستور به این نتیجه رسیده بود که بیماری‌ها غالباً مسری‌اند و علت مسری بودن بیماری‌ها این است که عامل بیماری، موجودات زنده‌ی میکروسکوپی‌اند و همین موجودات ریز، بیماری را از فردی به فرد دیگر انتقال می‌دهند. این نظر پاستور را که به «نظریه‌ی میکروبی بودن بیماری‌ها» موسوم شد، می‌توان بزرگ‌ترین کشف پزشکی دانست؛ زیرا از طریق کشف ماهیت بیماری‌های عفونی و نحوه‌ی انتقال آن‌هاست که می‌توان از توسعه‌ی بیماری و سرایت آن به افراد سالم جلوگیری کرد. ولی این مفهومی بود که پزشکان مکتب یونانی آن را قبول نداشتند. در آن زمان، اکثر پزشکان به داخلی بودن و خود به خودی بودن بیماری معتقد بودند.
پاستور تأکید می‌کرد که جراحان باید خیلی بیشتر از میکروب‌های موجود بر روی اسباب‌های جراحی و دست‌های خود بترسند تا از میکروب‌های موجود در هوا. پزشکان و جراحان از این که یک شیمی‌دان بی‌آن که از او خواسته شده باشد در حوزه‌ی کاریشان مداخله می‌کرد، احساس ناراحتی می‌کردند. به علاوه آن‌ها از این که صریحاً متهم می‌شدند که با وسایل و دست‌های خود عوامل بیماری‌زای میکروسکوپی را به بدن بیمارانشان انتقال می‌دهند و باعث ایجاد بیماری می‌شوند، سخت خشمگین بودند. پاستور در مقاله‌ای که بازتاب اعتقادات عمیقش به نظریه‌ی میکروبی بود، چنین می‌نویسد: «اگر من افتخار جراح بودن داشتم، هیچ وقت هیچ وسیله‌ای را پیش از آن که بلافاصله قبل از جراحی، در آب جوش قرار دهم یا بهتر از آن، در معرض شعله‌ی آتش بگیرم، وارد بدن انسان نمی‌کردم.»
با وجود این که بسیاری از پزشکان هم عصر پاستور نتایج کار او را نمی‌پذیرفتند، ولی یک جراح انگلیسی به نام «جوزف لیستر» متوجه اهمیت کشفیات پاستور شد. لیستر از تعداد زیاد مرگ و میر ناشی از عفونت جراحات و مسمومیت خون، حتی بعد از عمل‌های جراحی کوچک و جزئی متعجب بود. او متوجه شده بود که در جراحت‌های داخلی، هیچ عفونتی به وجود نمی‌آید. تقریباً در همین زمان پزشک دیگری به نام «ایگناس زملوایس» در وین به نتیجه‌گیری موفقیت‌آمیزی در همین زمینه دست یافت. زملوایس متوجه شده بود که در یک بخش زایمان بیمارستان، حدود 30 درصد زنان باردار بر اثر ابتلا به تب فوت می‌کنند؛ در حالی که در بخش دیگر، میزان مرگ و میر حدود سه درصد بود. او پزشکی را که بر اثر بریدن دستش به هنگام کالبد شکافی درگذشته بود، کالبد شکافی کرد و متوجه شد که بدن این پزشک حاوی همان بافت بیماری است که در بدن زنان باردار فوت شده وجود دارد. زملوایس با توجه به این که زنان بستری در بخش پر مرگ و میر توسط دانشجویی معاینه می‌شدند که مستقیماً از اتاق کالبد شکافی وارد آن می‌شدند، نتیجه گرفت که این دانشجویان همراه خود نوعی عفونت را به بخش زایمان انتقال می‌دهند. او با وجود مخالفت دیگر پزشکان، مقرر کرد که هر کس از اتاق کالبدشکافی خارج می‌شود، باید دست‌هایش را در محلول آب و اسید فنیک بشوید. یک ماه بعد، میزان مرگ و میر در بخش زایمان به کاهش یافت. پس از آن زملوایس خواست تا کلیه‌ی لوازم پزشکی را ضدعفونی کنند و باز هم نتایج مطلوبی به دست آورد. او در سال 1861 میلادی نتایج کار خود را انتشار داد؛ ولی ناباوری عمومی هم چنان ادامه داشت. زملوایس در سال 1865 میلادی بر اثر عفونت عمومی ناشی از زخمی که هنگام جراحی در انگشتش ایجاد شده بود، درگذشت.
هنگامی که نتایج کار پاستور در مورد موجودات زنده‌ی میکروسکوپی به عنوان علت عفونت و فساد انتشار یافت، لیستر متوجه اهمیت این موضوع در جراحی شد. به این ترتیب، او به جست‌و‌جوی ماده‌ای پرداخت که بدون آسیب رساندن به بافت‌های بدن، بتواند باکتری‌های موجود در هوا را نابود کند. لیستر در سال 1867 میلادی محلول فِنُل را برای این کار مناسب یافت و با پاشیدن آن در فضای اتاق عمل و پاکیزه نگاه داشتن اتاق، میزان مرگ و میر بعد از حراجی را تا حدود زیادی کاهش داد. با این که روش لیستر، به خصوص در انگلستان تا حدی با اکراه پذیرفته شد، سرانجام در جراحی انقلابی پدید آورد و نظریه‌ی میکروبی بیماری را تأیید کرد.
در سال 1867 میلادی پاستور از «لویی ناپلئون» تقاضا کرد آزمایشگاهی مجهز و بزرگ در دانشسرای عالی بسازد تا بتواند در آن به پژوهش‌هایش ادامه دهد. امپراتور که قبلاً قول ساخت چنین آزمایشگاهی را داده بود، با این درخواست پاستور موافقت کرد. ساخت آزمایشگاه در سال 1868 میلادی آغاز شد؛ اما با شروع جنگ فرانسه و آلمان، کار ساخت آن تا سال 1871 میلادی متوقف شد.
جنگ مصیبت بار بین فرانسه و آلمان در سال 1870 میلادی آغاز شد. در سال 1871 میلادی فرانسه شکست خورد و آلمان خاک فرانسه را اشغال کرد. ژان باتیست، تنها پسر پاستور، همراه نیروهای مسلح در جبهه بود. اما مدتی بود که هیچ خبری از او نرسیده بود. پاستور تصمیم گرفت به «پنتارلیه» برود تا شاید پسرش را بیابد یا خبری از او بگیرد. جاده‌ها پر از سربازان شکست خورده بود. پاستور از افسری شنید که از گردان 1200 نفری‌ای که پسرش نیز در آن بود، تنها 300 نفر زنده مانده‌اند. خوشبختانه یکی از این 300 نفر ژان باتیست بود.
پاستور هیچ گاه اعمال وحشیانه‌ی آلمانی‌ها را فراموش نکرد و درجه‌ی دکترای پزشکی افتخاری دانشگاه بُن (وابسته به دولت آلمان) را که در سال 1868 میلادی به وی اعطا شده بود، به عنوان اعتراض پس فرستاد. خاطره‌های او از جنگ چنان قوی باقی ماند که حتی در بستر مرگ، «نشان لیاقت» آلمان را رد کرد. فرانسه در نتیجه‌ی این جنگ ویران شده بود. تعداد مجروحان و بیماران بسیار زیاد بود. پاستور توجه خود را به بیمارستان‌های نظامی معطوف کرد. او تمام سعی خود را کرد تا پزشکان را به جوشاندن وسایل جراحی و بخار دادن لوازم زخم‌بندی برای جلوگیری از نفوذ میکروب‌ها به جراحات و ایجاد عفونت و مرگ مجروحان متقاعد کند. ولی از آنجا که او پزشک نبود، پزشکان حاضر نبودند به توصیه‌های وی توجه کنند. با این حال، رفته رفته روش‌های ضدعفونی در بیمارستان‌ها مرسوم شد و نتایج حیرت‌انگیزی از این کار به دست آمد. پاستور نیز در سال 1873 میلادی عضو آکادمی پزشکی فرانسه شد.
پس از جنگ، آزمایشگاه جدید پاستور به همراه اعتبار سالانه‌ی شش هزار فرانکی برای پژوهش در اختیار او قرار گرفت. پاستور به عنوان رئیس آزمایشگاه دانشسرای عالی انتخاب شد. در سال 1874 میلادی «مدال کاپلی» انجمن سلطنتی انگلستان برای کار در زمینه‌ی تخمیر و آفت‌های کرم ابریشم به پاستور اعطا شد. (انجمن سلطنتی در سال 1869 میلادی او را به عنوان یکی از اعضای خود پذیرفته بود). مجلس ملی فرانسه در سال 1874 میلادی یک پاداش ملی به مبلغ 12 هزار فرانک در سال برای پاستور تعیین کرد. در سال 1882 میلادی مجلس، مستمری سالیانه‌ی او را به 25 هزار فرانک افزایش داد و این مبلغ را بعد از مرگش قابل انتقال به همسر و سپس فرزندانش ساخت. در سال 1875 میلادی دوستان پاستور در آربوا از او تقاضا کردند که داوطلب مقام سناتوری شود. او با این که معتقد بود حق ندارد عقیده‌ی سیاسی داشته باشد، زیرا هیچ وقت سیاست نیاموخته است، رضایت داد که به عنوان محافظه‌کار داوطلب انتخابات شود. او خود را نامزد علم و میهن‌پرستی معرفی کرد. اما در انتخابات شکست خورد و فقط 62 رأی (یعنی تقریباً 400 رأی کمتر از دو نامزد موفق که هر دو جمهوریخواه بودند) به دست آورد. در دهه‌ی 1880 میلادی حداقل دوبار از او خواسته شد که داوطلب سناتوری شود؛ ولی او این پیشنهاد را رد کرد. او سیاست را در مقایسه با علم، امری زودگذر و بی‌ثمر می‌شمرد.
پاستور در 55 سالگی مردی پرآوازه بود؛ اما فرصت نداشت که به شهرتش اتکا کند. او می‌دانست که هنوز کارهای بسیاری برای انجام دادن دارد. در این زمان توجه او به بیماری سیاه زخم جلب شد. سیاه زخم نوعی بیماری خطرناک بود که حیوانات اهلی مثل گاو، گوسفند، بز، اسب و غیره در اثر ابتلا به آن جان می‌سپردند. سیاه زخم غالباً در حیوانات اهلی، همه‌گیر می‌شد و از این جهت زیان‌های اقتصادی بسیاری به بار می‌آورد. این بیماری گاهی در انسان نیز دیده می‌شد. برخی از پزشکان معتقد بودند که سیاه زخم با میکروب سر و کار ندارد. عده‌ی زیادی نیز به انگلی بودن آن اعتقاد داشتند. ولی «رابرت کُخ» در سال 1876 میلادی باسیل سیاه زخم را کشف کرد. او توضیح داد که این باسیل دارای یک مرحله‌ی هاگی شکل است. این هاگ‌ها می‌توانستند پس از مرگ جانور در خون یا بافت‌های آن تشکیل شوند و در مقابل پوسیدگی و خشک شدن مقاومت کنند. کخ متوجه شده بود که این هاگ‌های مقاوم می‌توانند خصوصیت بیماری‌زایی خود را با گذشت زمان محفوظ نگه دارند و در شرایط مناسب موجب بیماری شوند.
پاستور با استفاده از میکروسکوپ و پس از مطالعات بسیار، نظر کخ را تأیید کرد. او معتقد بود که این بیماری از طریق غذا منتقل می‌شود. به عبارت دیگر، گوسفندان می‌توانند با خوردن هاگ‌های بیماری‌زای سیاه زخم، به این بیماری دچار شوند. پاستور یاد‌آوری کرد که این هاگ‌ها در مقابل پوسیدگی مقاوم‌اند و می‌توانند ماه‌ها و حتی سال‌ها در خاکی که حیوانات آلوده در آن دفن شده‌اند، زندده بمانند و دوام بیاورند. بنابراین، گوسفندانی که در محل دفن حیوانات آلوده چرا می‌کنند، می‌توانند این هاگ‌ها را همراه غذا ببلعند.
پاستور تأکید داشت که کرم خاکی عامل انتقال هاگ‌های بی‌حرکت سیاه زخم از محل دفن حیوانات آلوده به سطح خاک است. کرم‌های خاکی هاگ‌های سیاه‌زخم را در روده‌ی خود حمل می‌کنند و به سطح خاک می‌آورند. سپس این هاگ‌ها را با مدفوع از بدن خود دفع می‌کنند. هاگ‌های سیاه‌زخم پس از رسیدن به سطح خاک، به گیاهانی که گوسفندان و دیگر دام‌ها از آن‌ها تغذیه می‌کنند، می‌چسبند. به این ترتیب، حیوانات آن‌ها را می‌بلعند و یا حتی استنشاق می‌کنند. این نتایج، اقدامات ساده و روشنی را برای پیش‌گیری فراهم ساخت. پاستور راه درمان این بیماری را به کار بردن همان روشی می‌دانست که در مورد کرم‌های ابریشم مطرح کرده بود و آن، این بود که باید تمام حیوانات بیمار را کشت، جسدشان را آتش زد و در اعماق زمین مدفون ساخت. به علاوه جانورانی را که از سیاه زخم تلف شده‌اند نباید در مناطقی که به عنوان مرتع یا برای کشت علوفه استفاده می‌شوند دفن کرد و در صورت استفاده باید خاک این مناطق را بر ضد کرم‌های خاکی سم‌پاشی کرد.
کار پاستور در مورد بیماری سیاه‌زخم به نظریه‌ی میکروبی بودن بیماریها اعتبار جدیدی بخشید و مژده‌ی فرا رسیدن برهه‌ای از زمان را داد که به عنوان عصر طلایی باکتری‌شناسی شناخته شد. در کمتر از دو دهه، نظریه‌ی میکروبی بودن بیماری‌ها در مورد بیماری‌های سل، دیفتری، وبا، سوزاک، حصبه، کزاز، ذات‌الریه و طاعون نیز به اثبات رسید. پاستور در سال 1880 میلادی در مقاله‌ای وجود میکروب در کورک‌ها، عفونت استخوانی و تب زایمان را تأیید کرد.
از زمانی که پاستور مطالعه‎‌‎ی بیماری سیاه زخم را شروع کرد، به آن چه که در آن زمان در فرانسه به «بیماری‌های ویروسی» معروف بود، علاقه‌مند شد. این بیماری‌ها - که مشخص‌ترین آن‌ها آبله بود- غیر میکروبی به شمار می‌رفتند و مهم‌ترین خصوصیتشان این بود که در کسی که قبلاً به آن مبتلا شده بود، بروز نمی‌کردند یا به شکل خفیف‌تری ظاهر می‌شدند.
«ادوارد جنر» در اواخر قرن هیجدهم میلادی به این نکته پی برد که افراد مبتلا به آبله‌ی گاوی (بیماری خفیفی که از گاو به انسان سرایت می‌کند) دیگر به آبله دچار نمی‌شوند. جنر معتقد بود که آبله‌ی گاوی بیماران را نسبت به آبله مصون می‌کند و می‌توان این مصونیت را به طریقی از فرد مبتلا به آبله‌ی گاوی به فرد سالم منتقل کرد. در سال 1796 میلادی جنر عامل بیماری آبله‌ی گاوی را- که از یک زن مبتلا گرفته بود- به پسر بچه‌ای تزریق کرد. او مدتی بعد، عامل بیماری آبله‌ی انسانی را وارد بدن این پسر بچه کرد. پس از هشت هفته‌ی، مشاهده کرد که پسر بچه به آبله دچار نشده است. جنر اعلام کرد که واکسن او شکل خفیفی از ویروس آبله است. و این ویروس، به علت عبور از بدن گاو ضعیف شده است. اکثر پزشکان عقیده‌ی جنر را پذیرفتند. اما عده‌ی دیگری ادعا کردند که آبله‌ی گاوی و آبله دو نوع بیماری مجزا و حاصل دو ویروس متمایزند؛ بنابراین، قدرت بیماری ‌زایی متفاوتی دارند. در واقع، تفاوت‌هایی که در شدت همه‌گیری‌های مختلف آبله یا در جریان یک همه‌گیری وجود داشت، و نیز تغییراتی که در طول مدت ایمنی دیده می‌شد، باعث نامفهوم ماندن ماهیت بیماری‌های ویروسی شده بود. به علاوه، تلاش برای یافتن واکسن‌ها یا ویروس‌های تغییر شکل یافته در بیماری‌ها به جایی نرسید و واکسن جنر منحصر به فرد باقی ماند. در سال 1878 میلادی پاستور تحقیقاتی را بر روی بیماری‌های ویروسی، به خصوص ویروس آبله‌ی گاوی آغاز کرد؛ ولی به نتیجه‌ای نرسید. در سال 1879 میلادی «توسن»، استاد مدرسه‌ی دامپزشکی «آلفور»، نمونه‌ای از خون خروسی را که در اثر ابتلا به وبای مرغی مرده بود، برای پاستور فرستاد. توسن این بیماری را با میکروبی که در خون همه‌ی مرغ‌های مبتلا یافته بود مرتبط می‌دانست. پاستور کار را با خونی که توسن فرستاده بود آغاز کرد و با کِشت‌های متوالی نشان داد که این میکروب تنها عامل واقعی وبای مرغی است. پاستور به این نتیجه رسید که در کشت‌های متوالی که در فاصله‌ی کوتاه انجام می‌شود، قدرت بیماری‌زایی میکروب‌ها کاهش نمی‌یابد؛ ولی وقتی فاصله‌ی کشت‌ها به دو تا سه ماه می‌رسد، عامل بیماری‌زا تضعیف می‌شود. به این ترتیب، در سال 1880 میلادی پاستور در محیط کشت، میکروب وبای ضعیف شده‎ای را به دست آورد که اثر کشنده‌اش با گذشت زمان کاهش یافته بود. او این میکروب ضعیف شده را به چندین مرغ تزریق کرد. این مرغ‌ها دچار بیماری خفیفی شدند و بهبود یافتند. پس از تزریق میکروب معمولی وبای مرغی‌ همه‌ی این مرغ‌ها زنده ماندند.
آن چه به این مسئله اهمیت خاصی می‌داد، این بود که مشخص شد وبای مرغی ماهیتی میکروبی دارد. در واقع، ساختن واکسن پیش‌گیری کننده، کار تازه‌ای نبود، ولی تا آن زمان هیچ واکسنی از کشت میکروب‌ها در خارج از بدن موجودات زنده تهیه نشده بود. تا آن زمان هیچ کس نمی‌دانست که خاصیت مصونیت که با بیماری‌های به اصطلاح ویروسی مرتبط بود، می‌تواند در مورد بیماری‌های میکروبی نیز صدق کند. پس از آن، این امید به وجود آمد که هر میکروبی را بتوان به گونه‌ی مصنوعی کشت داد و در برابر بیماری‌های عفونی واکسن‌هایی ساخت.
پاستور به سرعت دریافت که روشی یافته است که می‌توان آن را در مورد دیگر بیماری‌ها نیز به کار برد. مسلماً سیاه‌زخم، بیماری‌ای که او آن را بهتر از همه می‌شناخت، نخستین انتخاب وی برای ساختن واکسن بود. مدت کوتاهی پس از کشف واکسن وبای مرغی، شهرداری پاریس به پاستور اجازه داد از زمین بایری که نزدیک آزمایشگاهش بود استفاده کند. پاستور در این محل، امکانات وسیعی برای مراقبت و نگهداری از حیوانات زیادی که در آزمایش‌های خود به کار می‌برد ایجاد کرد. در همان زمان، بودجه‌ی سالانه‌ی آزمایشگاهش با یک اعتبار 50 هزار فرانکی از طرف وزارت کشاورزی تکمیل شد.
در ماه مارس سال 1881 میلادی پاستور گزارش داد که او و همکارانش واکسنی برای سیاه زخم ساخته‌اند که به قدری ضعیف شده است که حتی خوکچه‌های تازه متولد شده را نیز نمی‌کشد. این واکسن حاصل 43 روز تضعیف در دمای 42-43 درجه‌ی سانتی‌گراد بود. واکسن‌های سیاه‌زخم را می‌شد در هر درجه از قدرت بیماری‌زایی با رساندن به مرحله‌ی هاگی در همان درجه و حالت تثبیت و سپس ذخیره کرد و بدون ترس از فاسد شدن، به مناطق دور دست حمل کرد.
در آن زمان، برآورد زیان ناشی از بیماری سیاه‌زخم در فرانسه حدود 20 تا 30 میلیون فرانک در سال بود. این بیماری تهدید اقتصادی شدیدی برای کشاورزی و دامپروری فرانسه به شمار می‌رفت. به همین دلیل، واکسن سیاه‌زخم توجه همگان را به خود جلب کرد و «انجمن کشاوری ملن» پیشنهاد کرد که این روش در مرزعه‌ای در «پویی لوفور» آزمایش شود. یکصد نفر داوطلب قبول مخارج آزمایش واکسن سیاه‌زخم پاستور شدند. در آوریل 1881 میلادی پاستور و انجمن کشاورزی ملن در مورد انجام آزمایش‌هایی در این زمینه به توافق رسیدند. اجرای این برنامه توجه بین‌المللی را نیز به خود جلب کرد؛ تا جایی که روزنامه‌ی تایمز لندن خبرنگار خود را در پاریس برای تهیه‌ی گزارش به محل انجام آزمایش‌ها اعزام کرد.
آزمایش‌ها هم چنان که در آغاز موافقت شده بود، عبارت بودند از تزریق میکروب حاد سیاه‌زخم به 50 گوسفند که قرار بود از میان آن‌ها به نیمی واکسن تزریق نشود و به نیمی دیگر دو واکسن که از نظر ضعیف بودن میکروب متفاوت بودند تزریق شود. پاستور پیش‌بینی کرده بود که تمامی 25 گوسفند گروه اول پس از تزریق میکروب حاد سیاه‌زخم خواهند مرد، در حالی که 25 گوسفند واکسینه شده کاملاً بهبود خواهند یافت و با دَه گوسفند اضافی که به عنوان نمونه‌ی طبیعی کنار گذاشته شده بودند، فرقی نخواهند داشت. بنابه درخواست انجمن کشاورزی ملن، پاستور موافقت کرد که دو بز را به جای دو گوسفند قرار دهد و ده گاو را نیز در آزمایش‌های خود بگنجاند. با این که او از نتیجه در مورد گاوها چندان مطمئن نبود، پیش‌بینی کرد که شش گاو واکسینه شده پس از تزریق میکروب حاد سیاه‌زخم، سالم خواهند ماند و چهار گاو واکسینه نشده، یا خواهند مرد، یا دست کم، به شدت بیمار خواهند شد.
آزمایش‌ها در پنجم مه 1881 میلادی با تزریق میکروب ضعیف شده‌ی سیاه زخم به یک بز، شش گاو و 24 گوسفند آغاز شد. 12 روز بعد، دومین میکروب ضعیف شده که تا حدودی قوی‌تر از میکروب اول بود، به این حیوانات تزریق شد. پاستور و دستیارانش پس از گذشت 25 روز از تزریق اول، میکروب حاد سیاه‌زخم را به تمام حیوانات واکسینه شده و 29 حیوان واکسینه نشده ( 24 گوسفند، یک بز و چهار گاو) تزریق کردند. دو روز بعد، همه برای دیدن نتایج گرد آمدند. وقتی پاستور و همکارانش به آن جا رسیدند، شش گاو، یک بز و تمام گوسفندان واکسینه شده، زنده و سالم بودند. یک بز و گوسفندان واکسینه نشده، به جز سه گوسفند، همگی مرده بودند. این سه گوسفند باقی مانده نیز همان روز جلو چشم‌های بینندگان جان سپردند. چهار گاو واکسینه نشده، بیمار و تب‌دار بودند.
پیروزی پاستور نه تنها کامل، بلکه کوبنده بود. کسانی که او را محکوم می‌کردند، اکنون در زمره‌ی مریدانش قرار گرفته بودند. به این ترتیب، پاستور با سیلی از درخواست برای تهیه‌ی واکسن جدید سیاه‌زخم رو به رو شد. دولت، صلیب بزرگ «لژیون دونور» را به او تقدیم کرد، قیطان بزرگ نشان «ایزابلای کاتولیک» نیز به وی اهدا شد و او در فرهنگستان فرانسه به عنوان یکی از اعضای دائمی پذیرفته شد. پاستور به منظور ادای احترام به ادوارد جنر، از اصطلاح واکسن و واکسیناسیون - که وی به کار برده بود - استفاده کرد. او در اوت 1881 میلادی پیروزمندانه به لندن رفت و در آن جا در کنگره‌ی بین‌المللی پزشکی در مورد واکسیناسیون صحبت کرد.
در سال 1882 میلادی پاستور یک بیماری دیگر حیوانی را مطالعه کرد. این بیماری، وبای خوکی بود. واکسنی که پاستور برای این بیماری ساخت، مانند واکسن سیاه‌زخم مؤثر واقع شد. پس از آن، توجه پاستور به بیماری هاری جلب شد. هاری در انسان بسیار نادر است و می‌توان آن را با قرنطینه کردن سگ‌ها و پوزه‌بند زدن به آن‌ها تا حد زیادی کنترل کرد. با این حال، پاستور علاقه‌ی خاصی به این مسئله داشت. برخی توجه خاص پاستور را به بیماری هاری ناشی از تجربه‌های تلخ دوران کودکی وی می‌دانند. پاستور در نه سالگی در آربوا شاهد معالجه‌ی چوپانی بود که سگ هار به او حمله کرده بود. روش معالحه به این ترتیب بود که میله‌ی آهن سرخ شده‌ای را روی محل گاز گرفتگی سگ هار می‌گذاشتند تا از نفوذ میکروب‌ها جلوگیری کنند. سگ هار علاوه بر چوپان، به چند تن دیگر از اهالی آربوا نیز حمله کرده بود. برخی از این افراد با وجود سوزاندن محل زخم‌هایشان، بر اثر ابتلا به بیماری هاری جان سپرده بودند. یکی از آن‌ها، همکلاسی و دوست پاستور در دبستان بود. پاستور این حادثه را تا آخر عمر به یاد می‌آورد.
وقتی سگ هاری انسان را گاز می‌گیرد، ویروس موجود در بزاق جانور از طریق زخم ایجاد شده وارد بدن می‌شود. ویروس به تدریج از اعصاب عبور می‌کند و خود را به مغز می‌رساند. علائم بیماری هاری، یک تا سه ماه پس از ورود ویروس به بدن ظاهر می‌شود. علائم این بیماری در انسان عبارت‌اند از: گرفتگی عضلات حنجره و گلو، تب، افزایش بزاق، عطش شدید، عدم توانایی بلع، تحلیل قوا، تشنج، فلج و سرانجام مرگ. ویروس هاری بیشتر توسط سگ هار به بدن انسان منتقل می‌شود. ولی جانوران مبتلای دیگر از جمله روباه، میمون، گربه و خرگوش نیز می‌توانند موجب سرایت آن شوند.
پاستور برای ساختن واکسن ضد هاری روزهای پیاپی در آزمایشگاه کار می‌کرد. ولی او و همکارانش هر چه می‌کوشیدند نمی‌توانستند میکروب بیماری هاری را بیابند. با این حال، پاستور نسبت به میکروبی بودن بیماری تردیدی نداشت و متقاعد شده بود که این میکروب به اندازه‌ای ریز است که زیر میکروسکوپ دیده نمی‌شود. در واقع، پاستور درست می‌گفت و همین اندیشه سبب شد که تحقیق در زمینه‌ی ویروس‌ها آغاز شود. در واقع، در میان بیماری‌هایی که پاستور درباره‌ی آن‌ها مطالعه کرده بود، فقط هاری یک بیماری ویروسی به مفهوم جدید و امروزی است. عامل بیماری هاری، ویروسی است که زیر میکروسکوپ‌های عادی دیده نمی‌شود و امکان کشت آن در لوله‌ی آزمایش وجود ندارد.
با این که ویروس در برابر هر کوششی برای کشت مصنوعی مقاومت می‌کرد، پاستور هم چنان به این عقیده پایبند بود که میکروب هاری وجود دارد. تحقیقات پاستور هم چنان ادامه داشت. دوره‌ی نهفتگی طولانی بیماری و نامطمئن بودن روش انتقال آن، استفاده از شیوه‌های جدیدی را برای انتقال از جانوری به جانور دیگر ضروری کرده بود. تزریق بزاق سگ هار و گازگرفتگی آن همیشه باعث هاری نمی‌شد. به همین دلیل، پاستور روش جدیدی را برای انتقال بیماری و کاهش دوره‌ی نهفتگی آن پیدا کرد. او مقداری از نخاع یک سگ هار را مستقیماً به مغز سگ سالم تزریق کرد. این کار پس از سوراخ کردن جمجمه صورت می‌گرفت. سگ سالم پس از دو هفته به هاری مبتلا شد.
پاستور کشف کرد که تعداد کمی از سگ‌ها در برابر تزریق ویروس بیماری، مقاوم‌اند. این سگ‌ها پس از بهبود، در برابر تزریق‌های بعدی مصونیت پیدا می‌کردند. این بدان معنی بود که جانوری که یک بار از این بیماری جان سالم بدر برده است، دیگر به آن مبتلا نمی‌شود. این مسئله، پاستور و همکارانش را امیدوار به یافتن واکسن هاری کرد. پاستور متوجه شده بود که ویروس هاری پس از انتقال متوالی در یک گونه‌ی خاص از جانوران (مثلاً خرگوش)، به حد اعلای قدرت بیماری‌زایی می‌رسد. این ویروس که بسیار قوی بود، «ثابت» نامیده شد. این حدِ اعلایِ بیماری‌زایی در جانوران مختلف، متفاوت بود.
لویی پاستور در جست‌و‌جوی روشی بود که به وسیله‌ی آن بتوان از بیماری در طول دوره‌ی طولانی نهفتگی که بعد از گاز گرفتگی توسط حیوان هار پیش می‌آید، جلوگیری کرد. پس از تحقیقات بسیار، سرانجام پاستور و همکارانش موفق به کشف واکسن هاری شدند. او در سال 1885 میلادی مقاله‌ای منتشر کرد که در آن روش ساخت این واکسن را شرح داده بود. این کار با انتقال ویروس از خرگوشی به خرگوش دیگر در مدت سه سال انجام گرفته بود. دوره‌ی نهفتگی این ویروس در نودمین انتقال، به هفت روز رسیده بود و تقریباً تا 40 انتقال پی در پی ثابت باقی مانده بود. پاستور باریکه‌هایی از نخاع خرگوش‌هایی را که بر اثر ویروس‌های ثابت هفت روزه مرده بودند، برید و خشک کرد. او متوجه شد که در نخاعی که در حال خشکیدن است، قدرت بیماری‌زایی ویروس به تدریج کاهش می‌یابد. و سرانجام از بین می‌رود. زمان لازم برای این کار، به ضخامت باریکه‌های نخاع و دمای محیط بستگی داشت. معمولاً ویروس در مدت دو هفته به درجه‌ی بیماری‌زایی بی‌خطر می‌رسید. پاستور، نخاعی را که به مدت دو هفته خشک شده بود، خیس کرد و آن را به صورت محلول درآورد. سپس این محلول را به سگی که تحت درمان بود، تزریق کرد. او این کار را روزهای پی در پی انجام داد. اما هر بار به تزریق از نخاعی می‌پرداخت که تازه‌تر از روز قبل بود. او در آخرین روز از نخاعی که دو روز پیش خشک شده بود و حاوی ویروس بسیار قوی بود، استفاده کرد. پاستور با این روش موفق به مقاوم ساختن 50 سگ در برابر بیماری هاری شد.
پاستور جرئت نداشت این آزمایش را روی انسان انجام دهد و نمی‌دانست که آیا واکسن هاری در انسان نیز موثر است یا نه. در ژوئیه‌ی 1885 میلادی زنی همراه پسر بچه‌ی نه ساله‌اش به آزمایشگاه پاستور آمد. پسر بچه، «ژوزف مایستر» نام داشت و به طرزی وحشیانه مورد حمله‌ی سگ هار قرار گرفته بود. حال کودک بسیار بد بود و 14 نقطه از بدنش خونریزی داشت. پاستور از آزمایش روی انسان بیمناک بود. ولی درماندگی کودک، او را تحت تأثیر قرار داد. او بلافاصله با دو پزشک مشورت کرد. پزشکان به وی اطمینان دادند که در صورت عدم درمان، مرگ کودک حتمی است و از او خواستند روش خود را روی پسرک به کار ببرد.
غروب همان روز، پاستور نخستین تزریق را انجام داد. درمان، ده روز طول کشید و در این مدت، 13 محلول به دست آمده از نخاع خشک شده‌ی خرگوش به ژوزف مایستر تزریق شد. ویروس موجود در هر یک از این محلول‌ها قوی‌تر از محلول قبلی بود. هر روز که می‌گذشت، پاستور بیشتر نگران می‌شد. او از آخرین تزریق‌ها بسیار بیمناک بود. پاستور، سگ‌های بسیاری را که سگ هار آن‌ها را گاز گرفته بود، با تزریق همین واکسن درمان کرده بود؛ ولی اکنون وضع فرق می‌کرد. و پای یک انسان در میان بود. بروز علائم خفیف بیماری، پاستور را به شدت نگران کرده بود. او با نزدیک شدن روزِ آخرین تزریق، شب‌‎ها از نگرانی خوابش نمی‌برد. سرانجام در خاتمه‌ی درمان، قوی‌ترین ویروس هاری که از سگ هار به دست آمده بود و با انتقال متوالی از خرگوش‌ها تقویت شده بود، تزریق شد. پس از پایان دوره‌ی تزریق، دیگر کاری از دست پاستور بر نمی‌آمد و او تنها باید منتظر می‌ماند.
از آن جا که پاستور بسیار خسته بود، به «بورگونی» نزد دخترش، «ماری لویی» رفت. او درمدت اقامتش در بورگونی هر لحظه چشم به راه رسیدن نامه یا تلگرافی در مورد وضع ژوزف بود. سرانجام، پس از یک ماه خبر رسید که کودک کاملاً سالم است. به این ترتیب پاستور جان کودکی را نجات داده بود و موفق شده بود بیماری هاری را درمان کند. ژوزف مایستر بعدها سرایدار انستیتو پاستور شد و تا زمان مرگ در آن جا خدمت کرد.
پاستور فورا‌ً به پاریس بازگشت افرادی که مورد حمله‌ی سگ هار قرار گرفته بودند، خود را از سراسر جهان به آزمایشگاه او می‌رساندند. آزمایشگاه پاستور مورد هجوم بیمارانی از انگلستان، اسپانیا، هلند و مجارستان قرار گرفته بود. 19 بیمار روس که دو هفته قبل از آن به شدت توسط گرگ‌های هار زخمی شده بودند، به امید کمک، نزد او آمدند. با این که برای درمان دیر شده بود، 16 نفر از آن‌ها با دست توانای پاستور درمان شدند. تقریباً یک سال پس از نخستین درمان، حدود 2500 نفر فقط در پاریس تحت مداوا قرار گرفتند.
در سال 1888 میلادی مؤسسه‌ای برای تحقیقات طبی و درمان بیماری هاری در پاریس گشایش یافت و به افتخار پاستور، «انستیتو پاستور» نامیده شد. این مؤسسه، مرکزی برای تعلیم و تحقیق درباره‌ی بیماری‌های مسری بود. ساخت انستیتو پاستور نه تنها به کمک افراد خیّر ثروتمند و هدایایی از روسیه، ترکیه، برزیل و دیگر کشورها، بلکه با کمک‌های بی‌شمار تهیدستان میسر شد. به تدریج در دیگر نقاط جهان نیز انستیتوهایی با نام پاستور تأسیس شد.
در سال 1892 میلادی، مراسمی برای بزرگداشت هفتادمین سالگرد تولد پاستور و پنجاهمین سال کار علمی وی برپا شد. این گردهمایی با شکوه در تالار بزرگ دانشگاه سوربن و با شرکت نمایندگانی از جوامع علمی، اعضای فرهنگستان فرانسه، استادان و دانشمندان برجسته‌ی فرانسوی و خارجی و مقامات دولتی صورت گرفت. پاستور چنان شکسته شده بود که ناچار با تکیه بر بازوان رئیس جمهور فرانسه وارد تالار شد. از میان سخنرانان بسیاری که راجع به زندگی و کار پر افتخار پاستور سخن گفتند، «سِر جوزف لیستر» شایسته‌ترین فردی بود که بر تأثیر مستقیم تحقیقات پاستور بر پزشکی گواهی داد. لیستر به عنوان نماینده‌ی انجمن سلطنتی لندن، خطاب به پاستور چنین گفت: «شما از علت ناشناخته‌ی بیماری‌هایی که قرن‌ها انسان‌ها را به کام مرگ می‌بردند، پرده برداشتید و طبیعت میکروبی‎ آن‌ها را کشف و تشریح کردید. شما درمان زخم‌ها را از حرفه‌ای نامطمئن و اغلب فاجعه بار به هنری علمی و سودمند بدل کردید. تحقیقات سختکوشانه‌ی شما با درخششی خیره کننده، نقاط تاریک علم جراحی را روشن کرده است.»
پاستور چون خود نمی‌توانست سخن بگوید، این کار را به پسرش محول نمود. ژان باتیست از جانب پدرش چنین گفت: «صلح و علم بر جنگ و نادانی غلبه خواهد کرد و آینده متعلق به کسانی است که بیشترین سعی را در راه از بین بردن رنج بشریت انجام داده‌اند.»
تقریباً این آخرین حضور پاستور در انظار عمومی بود. پاستور در اواخر عمر از سلامتی چندانی برخوردار نبود. او در سال 1886 میلادی احساس نارسایی قلبی کرد و یک سال بعد به یک سکته‌ی مغزی دیگری دچار شد که سخن گفتن و تحرکش را بیش از پیش مختل کرد. در سال 1894 میلادی در حالی که به امید یافتن درمانی برای بیماری دیفتری مشغول به کار بود، دچار سکته‌ی مغزی سوم شد. تقریباً دو ماه با دردی جانکاه در شرف مرگ بود. با این حال، به محض این که اندکی احساس بهبودی کرد، اصرار داشت برای نظارت بر نتایج آزمایش‌هایی که دستیارانش انجام می‌دادند، به آزمایشگاه باز گردد. اما او دیگر توان کار کردن نداشت. او در باغ انستیتو پاستور، زیر سایبانی می‌نشست و اغلب به این فکر می‌کرد که درون انستیتو چه می‌گذرد. پاستور در طول سال 1895 میلادی روز به روز تحلیل می‌رفت و به تدریج سخن گفتن برایش دشوارتر می‌شد. او در اواخر ماه سپتامبر به کلی فلج شد. وقتی فنجانی شیر به او تعارف شد، به زحمت زمزمه کرد: «نمی‌توانم» و از هوش رفت. پاستور 24 ساعت در اغما بود و در 28 سپتامر 1895 میلادی چشم از جهان فرو بست.
لویی پاستور در اوج شهرت درگذشت. فرانسه در گذشت پاستور را با تشریفات رسمی، همراه با احترامات نظامی ارج نهاد. جسد او در آرامگاه با شکوهی در انستیتو پاستور مدفون است. همسرش نیز در سال 1911 میلادی در همان جا به او پیوست.

پی‌نوشت‌:

1. نوری که فقط در راستای مشخصی نوسان کند.

منبع مقاله :
جمعی از نویسندگان زیرنظر شورای بررسی، (1394)، آشنایی با مشاهیر علم، تهران: نشر و تحقیقات ذکر، چاپ اول